site      prob   prob2  prob3  -- entropy 
--- - - - -----  -----  -----     ----- -----
 89 A V M 0.313  0.185  0.173  -- 1.916 0.640 -- change to M in AncLDH*
 90 V I L 0.404  0.242  0.108  -- 1.711 0.571 -- change to T in AncLDH*
 91 A F G 0.336  0.142  0.094  -- 2.187 0.730 -- change to G in AncLDH*
 92 T M A 0.701  0.120  0.042  -- 1.193 0.398
 93 M V I 0.549  0.174  0.159  -- 1.300 0.434
 94 T M V 0.333  0.192  0.137  -- 1.903 0.635
 95 K R   0.623  0.368         -- 0.697 0.233
 96 R     0.998                -- 0.014 0.005
 97 K P   0.829  0.165         -- 0.491 0.164
 98 K     1.000                -- 0.000 0.000
 99 I     0.999                -- 0.008 0.003
100 S A   0.653  0.343         -- 0.667 0.223
101 L M   0.964  0.035         -- 0.165 0.055
102 I V   0.934  0.065         -- 0.241 0.081
103 G     1.000                -- 0.000 0.000
105 S A   0.987  0.013         -- 0.069 0.023
106 G     1.000                -- 0.000 0.000
107 M N Q 0.731  0.204  0.053  -- 0.776 0.259
108 I     1.000                -- 0.000 0.000
109 G     1.000                -- 0.000 0.000
110 G     1.000                -- 0.000 0.000
111 T     0.993                -- 0.038 0.013
112 M L   0.986  0.013         -- 0.077 0.026
113 A     0.996                -- 0.026 0.009
114 Y H   0.904  0.088         -- 0.348 0.116
115 L     0.999                -- 0.008 0.003
116 C V I 0.399  0.380  0.187  -- 1.209 0.404
117 A S   0.973  0.018         -- 0.153 0.051
118 Q L M 0.489  0.485  0.023  -- 0.794 0.265
119 K R   0.896  0.103         -- 0.333 0.111
121 E D N 0.920  0.046  0.032  -- 0.335 0.112
124 L     0.999                -- 0.001 0.000
130 G     0.998                -- 0.014 0.005
131 D     1.000                -- 0.000 0.000
133 V     0.999                -- 0.008 0.003
134 V     0.999                -- 0.008 0.003
135 L     0.998                -- 0.014 0.005
136 F     1.000                -- 0.000 0.000
137 D     1.000                -- 0.000 0.000
138 V I   0.716  0.283         -- 0.596 0.199
141 V I   0.974  0.022         -- 0.134 0.045
142 K P E 0.779  0.151  0.035  -- 0.753 0.251
145 N G   0.893  0.102         -- 0.364 0.121
151 M L   0.933  0.057         -- 0.277 0.093
152 P     1.000                -- 0.000 0.000
153 Q E A 0.955  0.026  0.013  -- 0.233 0.078
154 G     1.000                -- 0.000 0.000
155 K     1.000                -- 0.000 0.000
156 A     1.000                -- 0.000 0.000
157 L     1.000                -- 0.000 0.000
158 D     1.000                -- 0.000 0.000
159 L I   0.624  0.367         -- 0.705 0.235
160 S M T 0.394  0.371  0.110  -- 1.355 0.452
161 H     1.000                -- 0.000 0.000
163 S T A 0.618  0.248  0.132  -- 0.917 0.306
164 S T N 0.703  0.159  0.131  -- 0.835 0.279
165 S A P 0.782  0.139  0.048  -- 0.722 0.241
166 I V   0.849  0.137         -- 0.481 0.160
167 A V I 0.664  0.187  0.042  -- 1.148 0.383
168 D G N 0.689  0.174  0.087  -- 1.001 0.334
170 T S N 0.592  0.391  0.011  -- 0.749 0.250
171 N D S 0.791  0.116  0.042  -- 0.779 0.260
172 V I C 0.869  0.088  0.019  -- 0.521 0.174
173 K R N 0.779  0.124  0.038  -- 0.822 0.275
174 V I   0.928  0.072         -- 0.259 0.086
177 T V S 0.807  0.035  0.033  -- 0.936 0.312
178 G     1.000                -- 0.000 0.000
184 T S   0.967  0.031         -- 0.147 0.049
187 N     1.000                -- 0.000 0.000
198 S N T 0.811  0.160  0.023  -- 0.579 0.193
200 Y     1.000                -- 0.000 0.000
201 E     0.997                -- 0.020 0.007
204 D     0.981                -- 0.117 0.039
206 I L   0.804  0.193         -- 0.505 0.169
207 K R Q 0.902  0.027  0.017  -- 0.496 0.166
211 G     0.999                -- 0.008 0.003
212 S A   0.896  0.103         -- 0.333 0.111
213 D     1.000                -- 0.000 0.000
214 V     0.999                -- 0.008 0.003
215 V I   0.984  0.015         -- 0.079 0.026
216 I     0.998                -- 0.014 0.005
217 I V   0.686  0.314         -- 0.622 0.208
219 T     1.000                -- 0.000 0.000
220 A     1.000                -- 0.000 0.000
221 G     1.000                -- 0.000 0.000
267 L I V 0.590  0.321  0.069  -- 0.949 0.317
268 T S A 0.901  0.042  0.041  -- 0.425 0.142
270 K R   0.978  0.022         -- 0.106 0.035
271 A V K 0.734  0.215  0.022  -- 0.789 0.263
273 P     1.000                -- 0.000 0.000
275 G     1.000                -- 0.000 0.000
278 K     1.000                -- 0.000 0.000
279 S     1.000                -- 0.000 0.000
280 D     0.995                -- 0.035 0.012
281 K E Q 0.796  0.139  0.025  -- 0.730 0.244
282 E     0.999                -- 0.008 0.003
283 W     1.000                -- 0.000 0.000
284 S N T 0.887  0.057  0.055  -- 0.436 0.146
289 R     1.000                -- 0.000 0.000
290 D N   0.898  0.098         -- 0.345 0.115
291 D     1.000                -- 0.000 0.000
292 L     1.000                -- 0.000 0.000
293 L     0.999                -- 0.008 0.003
294 P S A 0.925  0.037  0.029  -- 0.343 0.114
295 F V I 0.398  0.257  0.198  -- 1.419 0.474
296 N     1.000                -- 0.000 0.000
297 A S T 0.848  0.124  0.015  -- 0.532 0.177
298 K     0.994                -- 0.037 0.012
299 I     1.000                -- 0.000 0.000
300 M     0.999                -- 0.008 0.003
301 R K   0.774  0.216         -- 0.594 0.198
302 E     0.993                -- 0.042 0.014
303 V I   0.951  0.049         -- 0.196 0.065
304 G A   0.969  0.030         -- 0.143 0.048
305 E Q A 0.805  0.121  0.026  -- 0.740 0.247
306 N S   0.977  0.012         -- 0.138 0.046
307 I     0.995                -- 0.031 0.011
308 K     1.000                -- 0.000 0.000
309 K     0.996                -- 0.023 0.008
311 Y     1.000                -- 0.000 0.000
312 C     1.000                -- 0.000 0.000
314 P     1.000                -- 0.000 0.000
315 N     1.000                -- 0.000 0.000
316 A     1.000                -- 0.000 0.000
318 F     1.000                -- 0.000 0.000
319 V I   0.897  0.102         -- 0.330 0.110
320 I     0.999                -- 0.008 0.003
321 V C   0.661  0.336         -- 0.659 0.220
322 I V   0.599  0.401         -- 0.673 0.225
323 T     1.000                -- 0.000 0.000
324 N     1.000                -- 0.000 0.000
325 P     1.000                -- 0.000 0.000
326 L     0.999                -- 0.001 0.000
327 D     1.000                -- 0.000 0.000
328 V C   0.980  0.019         -- 0.102 0.034
332 M     1.000                -- 0.000 0.000
333 V     1.000                -- 0.000 0.000
334 K Q H 0.799  0.105  0.055  -- 0.752 0.251
335 V I L 0.797  0.069  0.062  -- 0.810 0.270
336 L F M 0.929  0.043  0.028  -- 0.304 0.101
337 H Q   0.984  0.013         -- 0.079 0.026
338 E K Q 0.798  0.188  0.013  -- 0.551 0.184
339 H A S 0.504  0.187  0.137  -- 1.607 0.536
340 S     0.997                -- 0.022 0.007
341 G     1.000                -- 0.000 0.000
345 L I V 0.852  0.068  0.066  -- 0.568 0.189
346 P     1.000                -- 0.000 0.000
347 K H R 0.868  0.077  0.033  -- 0.537 0.179
348 N     0.992                -- 0.047 0.016
349 K R   0.988  0.011         -- 0.068 0.023
350 V I   0.795  0.205         -- 0.507 0.169
351 C     0.999                -- 0.008 0.003
352 G     1.000                -- 0.000 0.000
353 M     1.000                -- 0.000 0.000
354 A     0.996                -- 0.026 0.009
355 G     1.000                -- 0.000 0.000
356 V I M 0.935  0.031  0.026  -- 0.304 0.101
357 L     1.000                -- 0.000 0.000
358 D     1.000                -- 0.000 0.000
359 S     0.999                -- 0.008 0.003
360 S A   0.946  0.054         -- 0.210 0.070
361 R     1.000                -- 0.000 0.000
362 F L   0.985  0.012         -- 0.085 0.029
363 R     0.993                -- 0.042 0.014
364 H Y R 0.828  0.137  0.023  -- 0.585 0.195
365 F Y   0.619  0.379         -- 0.678 0.226
366 I L   0.958  0.037         -- 0.190 0.063
367 A     0.999                -- 0.008 0.003
369 E D   0.689  0.307         -- 0.637 0.213
370 K     0.990                -- 0.066 0.022
371 L     0.999                -- 0.001 0.000
372 N H   0.822  0.140         -- 0.625 0.208
373 V     0.997                -- 0.020 0.007
375 S N   0.948  0.047         -- 0.226 0.075
376 P     1.000                -- 0.000 0.000
377 R K   0.964  0.034         -- 0.157 0.052
378 D     1.000                -- 0.000 0.000
379 V     0.997                -- 0.020 0.007
380 Q H   0.969  0.021         -- 0.161 0.054
382 A G   0.968  0.032         -- 0.142 0.047
383 M L T 0.763  0.142  0.061  -- 0.824 0.275
384 V     1.000                -- 0.000 0.000
385 I     0.986                -- 0.083 0.028
386 G     1.000                -- 0.000 0.000
387 A     0.990                -- 0.068 0.023
388 H     1.000                -- 0.000 0.000
389 G     1.000                -- 0.000 0.000
390 D     1.000                -- 0.000 0.000
392 K T N 0.247  0.237  0.236  -- 1.607 0.537
393 M     1.000                -- 0.000 0.000
394 V I   0.981  0.019         -- 0.094 0.031
395 P     1.000                -- 0.000 0.000
396 L     1.000                -- 0.000 0.000
397 T S A 0.375  0.272  0.240  -- 1.415 0.472
398 R     1.000                -- 0.000 0.000
399 Y     1.000                -- 0.000 0.000
400 V C A 0.847  0.084  0.041  -- 0.591 0.197
401 T     0.999                -- 0.008 0.003
402 V     0.999                -- 0.008 0.003
406 N G   0.968  0.021         -- 0.162 0.054
408 G     1.000                -- 0.000 0.000
409 I V   0.969  0.028         -- 0.157 0.052
412 P     1.000                -- 0.000 0.000
413 L I   0.954  0.043         -- 0.200 0.067
419 Q S R 0.829  0.054  0.037  -- 0.794 0.265
420 E D   0.981  0.018         -- 0.098 0.033
421 F     1.000                -- 0.000 0.000
422 I V   0.884  0.115         -- 0.365 0.122
428 K R E 0.957  0.018  0.012  -- 0.232 0.077
429 K Q R 0.832  0.083  0.071  -- 0.606 0.202
430 G     0.998                -- 0.016 0.005
431 R K L 0.278  0.178  0.108  -- 2.238 0.747
432 I V L 0.666  0.254  0.048  -- 0.870 0.290
433 T S   0.961  0.035         -- 0.180 0.060
439 Q E D 0.654  0.326  0.012  -- 0.738 0.246
440 E Q D 0.960  0.017  0.012  -- 0.221 0.074
441 E Q K 0.924  0.035  0.029  -- 0.343 0.114
442 I L V 0.635  0.304  0.058  -- 0.833 0.278
443 D E N 0.845  0.132  0.017  -- 0.512 0.171
444 E D   0.950  0.039         -- 0.238 0.079
445 I     0.999                -- 0.008 0.003
446 V I A 0.914  0.061  0.020  -- 0.364 0.122
447 E Q D 0.951  0.024  0.022  -- 0.234 0.078
448 R K   0.975  0.025         -- 0.117 0.039
449 T     1.000                -- 0.000 0.000
450 K R   0.534  0.448         -- 0.789 0.263
451 N     0.982                -- 0.108 0.036
452 A S T 0.784  0.173  0.041  -- 0.632 0.211
453 G     0.999                -- 0.008 0.003
454 G A M 0.901  0.048  0.024  -- 0.456 0.152
455 E     0.999                -- 0.008 0.003
456 I     1.000                -- 0.000 0.000
457 V     1.000                -- 0.000 0.000
458 N R K 0.615  0.178  0.123  -- 1.189 0.397
459 L     1.000                -- 0.000 0.000
460 L     0.999                -- 0.001 0.000
462 G     0.981                -- 0.117 0.039
463 Q T S 0.599  0.210  0.102  -- 1.170 0.391
464 G     1.000                -- 0.000 0.000
468 S     1.000                -- 0.000 0.000
469 A     1.000                -- 0.000 0.000
470 Y     0.998                -- 0.014 0.005
471 F Y   0.843  0.157         -- 0.435 0.145
472 A     1.000                -- 0.000 0.000
473 P     1.000                -- 0.000 0.000
474 A     0.999                -- 0.008 0.003
475 A     0.991                -- 0.055 0.018
476 S A   0.847  0.153         -- 0.428 0.143
477 A     0.996                -- 0.026 0.009
478 I V   0.841  0.158         -- 0.444 0.148
479 E     0.983                -- 0.101 0.034
480 M     1.000                -- 0.000 0.000
481 A     1.000                -- 0.000 0.000
482 E Q   0.984  0.014         -- 0.083 0.028
483 A S   0.854  0.146         -- 0.416 0.139
484 Y     1.000                -- 0.000 0.000
485 L     0.999                -- 0.001 0.000
486 K R   0.985  0.011         -- 0.084 0.028
487 D     1.000                -- 0.000 0.000
489 K Q E 0.482  0.476  0.026  -- 0.867 0.289
490 K     0.999                -- 0.008 0.003
491 R K   0.988  0.011         -- 0.062 0.021
493 V I   0.921  0.079         -- 0.276 0.092
494 L F   0.956  0.037         -- 0.209 0.070
495 V P   0.638  0.358         -- 0.679 0.227
496 C     1.000                -- 0.000 0.000
497 S     1.000                -- 0.000 0.000
498 C V A 0.917  0.050  0.028  -- 0.354 0.118
499 Y     0.997                -- 0.020 0.007
501 L     1.000                -- 0.000 0.000
508 E Q N 0.627  0.240  0.100  -- 1.002 0.335
509 G     1.000                -- 0.000 0.000
513 Q E   0.943  0.057         -- 0.219 0.073
518 Y     1.000                -- 0.000 0.000
519 G     1.000                -- 0.000 0.000
521 H V L 0.501  0.316  0.102  -- 1.262 0.421
523 K R Q 0.638  0.320  0.021  -- 0.831 0.277
525 D N   0.978  0.022         -- 0.106 0.035
527 M I L 0.387  0.279  0.236  -- 1.289 0.430
528 F Y   0.936  0.064         -- 0.238 0.079
529 V I L 0.534  0.238  0.167  -- 1.216 0.406
530 G     1.000                -- 0.000 0.000
531 V T I 0.955  0.026  0.015  -- 0.226 0.076
532 P     1.000                -- 0.000 0.000
533 A V C 0.668  0.267  0.060  -- 0.824 0.275
534 V I   0.932  0.067         -- 0.247 0.082
535 I     0.999                -- 0.008 0.003
536 G     1.000                -- 0.000 0.000
537 G A   0.986  0.012         -- 0.079 0.027
538 N G   0.981  0.012         -- 0.109 0.036
545 G     1.000                -- 0.000 0.000
546 V I   0.881  0.119         -- 0.365 0.122
547 E     1.000                -- 0.000 0.000
548 K Q R 0.890  0.076  0.034  -- 0.415 0.138
549 V I   0.929  0.071         -- 0.256 0.086
550 I V   0.977  0.022         -- 0.114 0.038
553 E     1.000                -- 0.000 0.000
554 L     0.999                -- 0.001 0.000
557 E D Q 0.897  0.047  0.040  -- 0.439 0.146
558 L     1.000                -- 0.000 0.000
559 T N S 0.638  0.343  0.019  -- 0.729 0.243
560 P A E 0.448  0.361  0.097  -- 1.314 0.439
561 E Q   0.982  0.018         -- 0.090 0.030
563 E     1.000                -- 0.000 0.000
564 K R Q 0.831  0.131  0.037  -- 0.542 0.181
565 E Q K 0.663  0.301  0.020  -- 0.793 0.265
566 L M Q 0.494  0.461  0.016  -- 0.915 0.306
567 F     1.000                -- 0.000 0.000
568 D E Q 0.644  0.239  0.079  -- 0.971 0.324
569 K E A 0.727  0.141  0.022  -- 1.044 0.348
570 S     1.000                -- 0.000 0.000
571 V I   0.832  0.168         -- 0.453 0.151
572 E D K 0.592  0.337  0.034  -- 0.970 0.324
573 E D   0.872  0.116         -- 0.432 0.144
574 V I   0.926  0.074         -- 0.264 0.088
575 R K   0.761  0.233         -- 0.574 0.192
576 K R E 0.459  0.223  0.204  -- 1.432 0.478
577 L M   0.874  0.125         -- 0.385 0.128
578 Q K N 0.426  0.179  0.134  -- 1.720 0.574
579 K E A 0.381  0.355  0.083  -- 1.567 0.523
581 A S T 0.593  0.139  0.107  -- 1.450 0.484
582 I V L 0.632  0.217  0.145  -- 0.932 0.311
583 K A R 0.531  0.250  0.054  -- 1.439 0.480
584 A S E 0.631  0.172  0.042  -- 1.372 0.458
585 L M I 0.842  0.062  0.056  -- 0.629 0.210
586 N D G 0.353  0.316  0.091  -- 1.739 0.580 -- change to G in AncLDH*

End of node sequence

total log prob: -440.418 --- total prob: 5.356e-192