site      prob   prob2  prob3  -- entropy 
--- - - - -----  -----  -----     ----- -----
 92 M T   0.965  0.018         -- 0.201 0.067
 93 M L I 0.833  0.059  0.055  -- 0.676 0.225 -- change to T in AncMDH2*
 94 M T I 0.615  0.177  0.074  -- 1.231 0.411 -- change to T in AncMDH2*
 95 K R Q 0.826  0.125  0.041  -- 0.592 0.197
 96 R     0.999                -- 0.001 0.000
 97 K R   0.980  0.018         -- 0.099 0.033
 98 K     1.000                -- 0.000 0.000
 99 I     1.000                -- 0.000 0.000
100 S A   0.983  0.017         -- 0.086 0.029
101 L     0.987                -- 0.081 0.027
102 I     0.999                -- 0.008 0.003
103 G     1.000                -- 0.000 0.000
105 A S   0.735  0.265         -- 0.578 0.193
106 G     1.000                -- 0.000 0.000
107 Q N   0.561  0.423         -- 0.779 0.260
108 I     1.000                -- 0.000 0.000
109 G     1.000                -- 0.000 0.000
110 G A   0.950  0.039         -- 0.221 0.074
111 T     1.000                -- 0.000 0.000
112 L I M 0.742  0.119  0.116  -- 0.811 0.271
113 A     1.000                -- 0.000 0.000
114 H Y   0.937  0.063         -- 0.235 0.078
115 L     0.998                -- 0.009 0.003
116 I V C 0.371  0.335  0.270  -- 1.199 0.400
117 A     0.993                -- 0.049 0.016
118 Q L M 0.869  0.080  0.051  -- 0.476 0.159
119 K     0.998                -- 0.009 0.003
121 E D N 0.788  0.106  0.104  -- 0.675 0.225
124 L     0.997                -- 0.015 0.005
130 G     1.000                -- 0.000 0.000
131 D     1.000                -- 0.000 0.000
133 V     0.995                -- 0.031 0.011
134 V     0.999                -- 0.008 0.003
135 L     1.000                -- 0.000 0.000
136 F     1.000                -- 0.000 0.000
137 D     1.000                -- 0.000 0.000
138 V I   0.670  0.330         -- 0.634 0.212
141 V I T 0.868  0.080  0.034  -- 0.513 0.171
142 E Q K 0.815  0.156  0.025  -- 0.566 0.189
145 G N D 0.958  0.030  0.011  -- 0.196 0.065
151 M L I 0.596  0.258  0.127  -- 0.995 0.332
152 P     1.000                -- 0.000 0.000
153 Q     1.000                -- 0.000 0.000
154 G     1.000                -- 0.000 0.000
155 K     1.000                -- 0.000 0.000
156 A     1.000                -- 0.000 0.000
157 L     1.000                -- 0.000 0.000
158 D     1.000                -- 0.000 0.000
159 L I   0.668  0.331         -- 0.635 0.212
160 M T A 0.464  0.203  0.159  -- 1.360 0.454
161 H     0.999                -- 0.008 0.003
163 S A T 0.941  0.032  0.019  -- 0.281 0.094
164 S T A 0.842  0.121  0.030  -- 0.536 0.179
165 P S T 0.526  0.374  0.062  -- 1.002 0.335
166 I V   0.948  0.049         -- 0.216 0.072
167 A V I 0.528  0.289  0.070  -- 1.319 0.440
168 G     0.990                -- 0.068 0.023
170 S T A 0.738  0.199  0.021  -- 0.820 0.274
171 D N S 0.538  0.410  0.028  -- 0.939 0.314
172 V I T 0.878  0.052  0.032  -- 0.534 0.178
173 K R   0.835  0.151         -- 0.508 0.170
174 I V   0.961  0.038         -- 0.162 0.054
177 T V I 0.819  0.057  0.034  -- 0.822 0.274
178 G     1.000                -- 0.000 0.000
184 T     1.000                -- 0.000 0.000
187 N     1.000                -- 0.000 0.000
198 N D   0.885  0.109         -- 0.387 0.129
200 Y     1.000                -- 0.000 0.000
201 E     0.998                -- 0.009 0.003
204 D     1.000                -- 0.000 0.000
206 I L   0.989  0.011         -- 0.061 0.020
207 K Q R 0.950  0.027  0.011  -- 0.245 0.082
211 G D N 0.829  0.147  0.023  -- 0.524 0.175
212 S     0.996                -- 0.021 0.007
213 D     1.000                -- 0.000 0.000
214 V     1.000                -- 0.000 0.000
215 V I   0.639  0.361         -- 0.654 0.218
216 I V   0.989  0.011         -- 0.061 0.020
217 I V   0.910  0.090         -- 0.303 0.101
219 T     1.000                -- 0.000 0.000
220 A     1.000                -- 0.000 0.000
221 G     1.000                -- 0.000 0.000
267 I V L 0.511  0.467  0.020  -- 0.784 0.262
268 P S   0.974  0.011         -- 0.154 0.052
270 R     0.999                -- 0.008 0.003
271 K     0.999                -- 0.001 0.000
273 P     1.000                -- 0.000 0.000
275 G     1.000                -- 0.000 0.000
278 M     1.000                -- 0.000 0.000
279 S T   0.988  0.012         -- 0.065 0.022
289 R     1.000                -- 0.000 0.000
290 D N   0.964  0.023         -- 0.188 0.063
291 D     1.000                -- 0.000 0.000
292 L     1.000                -- 0.000 0.000
293 L     0.999                -- 0.015 0.005
294 S N A 0.598  0.126  0.117  -- 1.329 0.444
295 I V T 0.527  0.336  0.120  -- 1.055 0.352
296 N     1.000                -- 0.000 0.000
297 A     0.996                -- 0.021 0.007
298 K     0.994                -- 0.037 0.012
299 I     1.000                -- 0.000 0.000
300 M     0.999                -- 0.008 0.003
301 K R   0.964  0.035         -- 0.153 0.051
302 E S D 0.544  0.341  0.096  -- 1.021 0.341
303 V     0.999                -- 0.008 0.003
304 A G   0.987  0.012         -- 0.073 0.024
305 E     0.993                -- 0.042 0.014
306 N     0.988                -- 0.073 0.024
307 I V   0.972  0.028         -- 0.128 0.043
308 K     1.000                -- 0.000 0.000
309 K Q   0.980  0.018         -- 0.106 0.035
311 Y     1.000                -- 0.000 0.000
312 C     1.000                -- 0.000 0.000
314 P     1.000                -- 0.000 0.000
315 N     1.000                -- 0.000 0.000
316 A     1.000                -- 0.000 0.000
318 F     1.000                -- 0.000 0.000
319 V     0.993                -- 0.042 0.014
320 I     1.000                -- 0.000 0.000
321 C V   0.919  0.081         -- 0.281 0.094
322 I V   0.606  0.394         -- 0.671 0.224
323 T     1.000                -- 0.000 0.000
324 N     1.000                -- 0.000 0.000
325 P     1.000                -- 0.000 0.000
326 L     1.000                -- 0.000 0.000
327 D     1.000                -- 0.000 0.000
328 V     0.994                -- 0.039 0.013
332 M     1.000                -- 0.000 0.000
333 V     1.000                -- 0.000 0.000
334 Y H N 0.953  0.026  0.011  -- 0.242 0.081
335 V I   0.959  0.032         -- 0.205 0.068
336 L F M 0.667  0.302  0.030  -- 0.737 0.246
337 H     0.988                -- 0.067 0.022
338 K E   0.605  0.393         -- 0.678 0.226
339 H Y K 0.552  0.167  0.055  -- 1.559 0.520
340 S     1.000                -- 0.000 0.000
341 G     1.000                -- 0.000 0.000
345 L     0.988                -- 0.071 0.024
346 P     1.000                -- 0.000 0.000
347 H R Q 0.901  0.034  0.031  -- 0.478 0.159
348 N     0.996                -- 0.028 0.009
349 K     1.000                -- 0.000 0.000
350 V I   0.963  0.037         -- 0.158 0.053
351 C     1.000                -- 0.000 0.000
352 G     1.000                -- 0.000 0.000
353 M     1.000                -- 0.000 0.000
354 A     1.000                -- 0.000 0.000
355 G     1.000                -- 0.000 0.000
356 V     0.992                -- 0.047 0.016
357 L     1.000                -- 0.000 0.000
358 D     1.000                -- 0.000 0.000
359 S     0.998                -- 0.014 0.005
360 S A   0.942  0.057         -- 0.220 0.073
361 R     1.000                -- 0.000 0.000
362 F     1.000                -- 0.000 0.000
363 R     1.000                -- 0.000 0.000
364 H Y T 0.703  0.203  0.046  -- 0.919 0.307
365 F Y   0.921  0.066         -- 0.319 0.107
366 L     0.995                -- 0.031 0.011
367 A     0.998                -- 0.014 0.005
369 E     0.995                -- 0.035 0.012
370 K E   0.969  0.026         -- 0.150 0.050
371 L     1.000                -- 0.000 0.000
372 N     0.985                -- 0.085 0.028
373 V     1.000                -- 0.000 0.000
375 S N   0.965  0.033         -- 0.154 0.051
376 P     0.996                -- 0.029 0.010
377 K E N 0.504  0.237  0.119  -- 1.404 0.469
378 D     1.000                -- 0.000 0.000
379 V     0.998                -- 0.014 0.005
380 Q S N 0.920  0.052  0.018  -- 0.351 0.117
381 N D S 0.740  0.058  0.050  -- 1.184 0.395
382 A     1.000                -- 0.000 0.000
383 M L I 0.669  0.250  0.066  -- 0.869 0.290
384 V     1.000                -- 0.000 0.000
385 I L   0.603  0.388         -- 0.720 0.241
386 G     1.000                -- 0.000 0.000
387 G     0.999                -- 0.008 0.003
388 H     1.000                -- 0.000 0.000
389 G     1.000                -- 0.000 0.000
390 D     1.000                -- 0.000 0.000
392 T K   0.950  0.030         -- 0.255 0.085
393 M     1.000                -- 0.000 0.000
394 V     0.992                -- 0.047 0.016
395 P     1.000                -- 0.000 0.000
396 L     1.000                -- 0.000 0.000
397 P T V 0.547  0.306  0.065  -- 1.130 0.377
398 R     1.000                -- 0.000 0.000
399 Y     1.000                -- 0.000 0.000
400 C V   0.906  0.070         -- 0.401 0.134
401 T     0.996                -- 0.026 0.009
402 V     0.998                -- 0.014 0.005
406 S G N 0.462  0.407  0.128  -- 1.012 0.338
408 G     1.000                -- 0.000 0.000
409 I V   0.981  0.018         -- 0.098 0.033
412 P     1.000                -- 0.000 0.000
413 L     0.998                -- 0.014 0.005
419 P S Q 0.369  0.359  0.085  -- 1.540 0.514
420 E D   0.829  0.171         -- 0.457 0.153
421 F     0.995                -- 0.031 0.011
422 I V   0.944  0.056         -- 0.216 0.072
428 K R   0.980  0.013         -- 0.114 0.038
429 K Q R 0.550  0.309  0.058  -- 1.148 0.383
430 G     0.999                -- 0.001 0.000
431 L M Q 0.518  0.253  0.065  -- 1.489 0.497
432 I V L 0.680  0.283  0.025  -- 0.768 0.256
433 T S   0.958  0.040         -- 0.182 0.061
439 Q E   0.959  0.034         -- 0.199 0.066
440 E D   0.956  0.034         -- 0.206 0.069
441 E K Q 0.723  0.162  0.105  -- 0.816 0.272
442 I L V 0.857  0.094  0.047  -- 0.511 0.170
443 D E   0.974  0.021         -- 0.129 0.043
444 E D   0.980  0.019         -- 0.102 0.034
445 I     1.000                -- 0.000 0.000
446 V I   0.807  0.193         -- 0.491 0.164
447 E Q K 0.925  0.052  0.019  -- 0.319 0.106
448 R K   0.940  0.060         -- 0.227 0.076
449 T     1.000                -- 0.000 0.000
450 R     0.991                -- 0.051 0.017
451 N     0.999                -- 0.001 0.000
452 A G S 0.831  0.111  0.050  -- 0.589 0.197
453 G     1.000                -- 0.000 0.000
454 G A   0.956  0.043         -- 0.178 0.060
455 E     1.000                -- 0.000 0.000
456 I     1.000                -- 0.000 0.000
457 V     1.000                -- 0.000 0.000
458 N D S 0.764  0.103  0.063  -- 0.895 0.299
459 L     1.000                -- 0.000 0.000
460 L     1.000                -- 0.000 0.000
462 K     0.995                -- 0.027 0.009
463 T S   0.968  0.025         -- 0.163 0.054
464 G     0.999                -- 0.008 0.003
468 S     1.000                -- 0.000 0.000
469 A     1.000                -- 0.000 0.000
470 Y F   0.969  0.031         -- 0.138 0.046
471 F Y   0.849  0.151         -- 0.424 0.142
472 A     1.000                -- 0.000 0.000
473 P     1.000                -- 0.000 0.000
474 A     1.000                -- 0.000 0.000
475 A     1.000                -- 0.000 0.000
476 S A   0.960  0.040         -- 0.168 0.056
477 A     0.998                -- 0.014 0.005
478 I V   0.530  0.469         -- 0.692 0.231
479 E     0.992                -- 0.049 0.016
480 M     1.000                -- 0.000 0.000
481 A V   0.979  0.021         -- 0.102 0.034
482 E     0.988                -- 0.065 0.022
483 A S   0.942  0.058         -- 0.221 0.074
484 Y     1.000                -- 0.000 0.000
485 L     1.000                -- 0.000 0.000
486 K     0.990                -- 0.066 0.022
487 D     1.000                -- 0.000 0.000
489 Q K E 0.510  0.457  0.026  -- 0.834 0.278
490 K     1.000                -- 0.000 0.000
491 R     0.994                -- 0.043 0.014
493 I V   0.539  0.451         -- 0.738 0.246
494 L     0.995                -- 0.031 0.011
495 P V   0.572  0.413         -- 0.760 0.254
496 C     1.000                -- 0.000 0.000
497 S     0.995                -- 0.031 0.011
498 A V C 0.958  0.028  0.013  -- 0.211 0.071
499 Y     1.000                -- 0.000 0.000
501 L     1.000                -- 0.000 0.000
508 N D E 0.923  0.038  0.032  -- 0.342 0.114
509 G     1.000                -- 0.000 0.000
513 Q E   0.805  0.194         -- 0.493 0.164
518 Y     1.000                -- 0.000 0.000
519 G     1.000                -- 0.000 0.000
521 V I   0.954  0.026         -- 0.238 0.079
523 K R   0.921  0.070         -- 0.314 0.105
525 D N   0.974  0.023         -- 0.130 0.043
527 L M I 0.759  0.182  0.056  -- 0.698 0.233
528 F Y   0.959  0.041         -- 0.171 0.057
529 V I   0.913  0.078         -- 0.333 0.111
530 G     1.000                -- 0.000 0.000
531 V     0.999                -- 0.008 0.003
532 P     1.000                -- 0.000 0.000
533 V A C 0.927  0.046  0.026  -- 0.314 0.105
534 V I   0.778  0.222         -- 0.529 0.177
535 I     1.000                -- 0.000 0.000
536 G     1.000                -- 0.000 0.000
537 K G A 0.920  0.022  0.019  -- 0.406 0.136
538 N     0.998                -- 0.009 0.003
545 G     1.000                -- 0.000 0.000
546 V I   0.985  0.015         -- 0.078 0.026
547 E     1.000                -- 0.000 0.000
548 K     0.988                -- 0.070 0.024
549 V I   0.953  0.047         -- 0.190 0.063
550 I V   0.899  0.100         -- 0.326 0.109
553 E     1.000                -- 0.000 0.000
554 L     0.997                -- 0.024 0.008
557 E D Q 0.798  0.172  0.023  -- 0.604 0.202
558 L     1.000                -- 0.000 0.000
559 T S   0.979  0.015         -- 0.114 0.038
560 P E A 0.398  0.328  0.152  -- 1.442 0.481
561 E     0.997                -- 0.022 0.007
563 E     1.000                -- 0.000 0.000
564 K R Q 0.888  0.074  0.037  -- 0.420 0.140
565 E Q   0.751  0.233         -- 0.623 0.208
566 M L   0.562  0.437         -- 0.693 0.231
567 F     1.000                -- 0.000 0.000
568 D E N 0.726  0.221  0.025  -- 0.783 0.261
569 K E R 0.934  0.043  0.011  -- 0.310 0.103
570 S     1.000                -- 0.000 0.000
571 V I   0.827  0.172         -- 0.460 0.154
572 E D   0.902  0.088         -- 0.366 0.122
573 S A   0.879  0.105         -- 0.442 0.148
574 V I   0.948  0.052         -- 0.204 0.068
575 R K   0.800  0.197         -- 0.516 0.172
576 K N E 0.522  0.198  0.167  -- 1.387 0.463
577 L M   0.987  0.012         -- 0.066 0.022
578 V I T 0.773  0.144  0.031  -- 0.813 0.272
579 E Q D 0.826  0.080  0.068  -- 0.665 0.222
581 A S T 0.494  0.231  0.204  -- 1.332 0.445
582 V I L 0.403  0.361  0.207  -- 1.181 0.394
583 K R   0.956  0.029         -- 0.227 0.076
584 S A E 0.344  0.334  0.109  -- 1.720 0.574
585 L M I 0.803  0.107  0.057  -- 0.712 0.238
586 N S D 0.610  0.113  0.099  -- 1.429 0.477
587 A S T 0.437  0.282  0.163  -- 1.529 0.510 -- change to L in AncMDH2*

End of node sequence

total log prob: -424.320 --- total prob: 5.250e-185