site      prob   prob2  prob3  -- entropy 
--- - - - -----  -----  -----     ----- -----
 92 M T I 0.958  0.014  0.013  -- 0.234 0.078
 93 M L I 0.779  0.083  0.065  -- 0.860 0.287 -- change to T in AncMDH3
 94 M T I 0.542  0.200  0.085  -- 1.382 0.461 -- change to T in AncMDH3
 95 K R Q 0.801  0.126  0.055  -- 0.691 0.231
 96 R     0.995                -- 0.027 0.009
 97 K R   0.975  0.022         -- 0.122 0.041
 98 K     1.000                -- 0.000 0.000
 99 I     0.999                -- 0.008 0.003
100 S A   0.986  0.014         -- 0.074 0.025
101 L I   0.961  0.031         -- 0.190 0.063
102 I     0.999                -- 0.008 0.003
103 G     1.000                -- 0.000 0.000
105 A S   0.717  0.282         -- 0.596 0.199
106 G     1.000                -- 0.000 0.000
107 Q N   0.917  0.074         -- 0.323 0.108
108 I     1.000                -- 0.000 0.000
109 G     1.000                -- 0.000 0.000
110 G A S 0.511  0.361  0.127  -- 0.973 0.325
111 T     0.999                -- 0.001 0.000
112 L I V 0.451  0.348  0.128  -- 1.181 0.394
113 A     1.000                -- 0.000 0.000
114 H Y Q 0.913  0.068  0.013  -- 0.347 0.116
115 L     0.997                -- 0.022 0.007
116 V I C 0.334  0.313  0.281  -- 1.328 0.443
117 A V   0.956  0.019         -- 0.252 0.084
118 Q L M 0.872  0.069  0.055  -- 0.470 0.157
119 K E   0.985  0.012         -- 0.082 0.027
121 N E D 0.467  0.279  0.243  -- 1.117 0.373
124 L I   0.981  0.015         -- 0.107 0.036
130 G     1.000                -- 0.000 0.000
131 D     1.000                -- 0.000 0.000
133 V I   0.970  0.030         -- 0.135 0.045
134 V     0.995                -- 0.031 0.011
135 L     0.999                -- 0.008 0.003
136 F     0.998                -- 0.014 0.005
137 D     1.000                -- 0.000 0.000
138 V I   0.630  0.370         -- 0.659 0.220
141 V I T 0.805  0.169  0.016  -- 0.595 0.199
142 E Q K 0.820  0.153  0.020  -- 0.562 0.187
145 G     0.989                -- 0.062 0.021
151 M L I 0.562  0.200  0.178  -- 1.122 0.374
152 P     1.000                -- 0.000 0.000
153 Q     1.000                -- 0.000 0.000
154 G     1.000                -- 0.000 0.000
155 K     1.000                -- 0.000 0.000
156 A     0.997                -- 0.020 0.007
157 L     1.000                -- 0.000 0.000
158 D     1.000                -- 0.000 0.000
159 L I   0.729  0.270         -- 0.598 0.200
160 M T S 0.399  0.269  0.144  -- 1.552 0.518
161 H     1.000                -- 0.000 0.000
163 S C A 0.895  0.062  0.025  -- 0.443 0.148
164 S T A 0.816  0.123  0.051  -- 0.621 0.207
165 S P T 0.472  0.233  0.219  -- 1.230 0.410
166 I V   0.929  0.064         -- 0.286 0.095
167 V A I 0.418  0.303  0.137  -- 1.510 0.504
168 G     0.992                -- 0.052 0.017
170 S T A 0.742  0.191  0.027  -- 0.834 0.278
171 D N S 0.487  0.405  0.050  -- 1.141 0.381
172 V T A 0.556  0.192  0.168  -- 1.291 0.431
173 K R   0.848  0.139         -- 0.472 0.158
174 I V   0.965  0.035         -- 0.152 0.051
177 T V I 0.680  0.119  0.078  -- 1.193 0.398
178 G     1.000                -- 0.000 0.000
184 T     1.000                -- 0.000 0.000
187 N     1.000                -- 0.000 0.000
198 N D   0.923  0.074         -- 0.279 0.093
200 Y     0.998                -- 0.009 0.003
201 E     0.997                -- 0.017 0.006
204 D     0.999                -- 0.001 0.000
206 I L   0.983  0.015         -- 0.092 0.031
207 K Q R 0.900  0.058  0.021  -- 0.417 0.139
211 G D N 0.743  0.210  0.045  -- 0.702 0.234
212 S     0.998                -- 0.014 0.005
213 D     1.000                -- 0.000 0.000
214 V     0.999                -- 0.008 0.003
215 V I   0.653  0.347         -- 0.646 0.215
216 I V   0.965  0.035         -- 0.152 0.051
217 I V   0.943  0.057         -- 0.219 0.073
219 T     1.000                -- 0.000 0.000
220 A     1.000                -- 0.000 0.000
221 G     1.000                -- 0.000 0.000
267 V I L 0.565  0.422  0.012  -- 0.747 0.249
268 P S   0.973  0.012         -- 0.160 0.053
270 R     1.000                -- 0.000 0.000
271 K     0.999                -- 0.008 0.003
273 P     1.000                -- 0.000 0.000
275 G     0.991                -- 0.048 0.016
278 M     1.000                -- 0.000 0.000
279 S T   0.854  0.145         -- 0.422 0.141
289 R     1.000                -- 0.000 0.000
290 D S E 0.901  0.041  0.036  -- 0.433 0.144
291 D     1.000                -- 0.000 0.000
292 L     1.000                -- 0.000 0.000
293 L     0.992                -- 0.052 0.017
294 S A N 0.580  0.125  0.111  -- 1.381 0.461
295 I V T 0.542  0.340  0.102  -- 1.019 0.340
296 N     1.000                -- 0.000 0.000
297 A     0.992                -- 0.052 0.017
298 K R   0.984  0.015         -- 0.086 0.029
299 I     1.000                -- 0.000 0.000
300 M I   0.982  0.011         -- 0.101 0.034
301 K R   0.952  0.034         -- 0.246 0.082
302 S E D 0.763  0.147  0.040  -- 0.833 0.278
303 V     0.999                -- 0.008 0.003
304 A     0.996                -- 0.028 0.009
305 E     0.991                -- 0.057 0.019
306 N S   0.983  0.011         -- 0.095 0.032
307 I V   0.830  0.169         -- 0.455 0.152
308 K     0.999                -- 0.001 0.000
309 K Q   0.963  0.027         -- 0.180 0.060
311 Y     1.000                -- 0.000 0.000
312 C     1.000                -- 0.000 0.000
314 P     1.000                -- 0.000 0.000
315 N     1.000                -- 0.000 0.000
316 A     1.000                -- 0.000 0.000
318 F     1.000                -- 0.000 0.000
319 V     0.992                -- 0.047 0.016
320 I     0.999                -- 0.008 0.003
321 C     0.997                -- 0.020 0.007
322 I V   0.615  0.385         -- 0.666 0.222
323 T     1.000                -- 0.000 0.000
324 N     1.000                -- 0.000 0.000
325 P     1.000                -- 0.000 0.000
326 L     1.000                -- 0.000 0.000
327 D     1.000                -- 0.000 0.000
328 V     0.989                -- 0.068 0.023
332 M     1.000                -- 0.000 0.000
333 V     0.999                -- 0.008 0.003
334 Y H N 0.951  0.027  0.012  -- 0.251 0.084
335 V I   0.924  0.050         -- 0.358 0.120
336 F L   0.936  0.062         -- 0.247 0.082
337 H Q   0.980  0.015         -- 0.114 0.038
338 K E   0.611  0.387         -- 0.681 0.227
339 H Y K 0.528  0.175  0.066  -- 1.626 0.543
340 S     1.000                -- 0.000 0.000
341 G     0.999                -- 0.008 0.003
345 L     0.984                -- 0.094 0.031
346 P     1.000                -- 0.000 0.000
347 H Q R 0.892  0.037  0.030  -- 0.515 0.172
348 N     0.993                -- 0.041 0.014
349 K     0.999                -- 0.008 0.003
350 V I   0.962  0.038         -- 0.162 0.054
351 C     1.000                -- 0.000 0.000
352 G     1.000                -- 0.000 0.000
353 M     1.000                -- 0.000 0.000
354 A     1.000                -- 0.000 0.000
355 G     1.000                -- 0.000 0.000
356 V I   0.983  0.017         -- 0.086 0.029
357 L     1.000                -- 0.000 0.000
358 D     1.000                -- 0.000 0.000
359 S T   0.969  0.031         -- 0.138 0.046
360 S A   0.960  0.039         -- 0.166 0.055
361 R     1.000                -- 0.000 0.000
362 F     1.000                -- 0.000 0.000
363 R     1.000                -- 0.000 0.000
364 H C S 0.425  0.173  0.159  -- 1.592 0.531
365 F L Y 0.800  0.116  0.062  -- 0.709 0.237
366 L     0.996                -- 0.026 0.009
367 A S   0.976  0.024         -- 0.113 0.038
369 E     0.991                -- 0.056 0.019
370 K E   0.976  0.017         -- 0.123 0.041
371 L     0.998                -- 0.023 0.008
372 N G   0.965  0.026         -- 0.183 0.061
373 V     0.999                -- 0.008 0.003
375 S N   0.940  0.046         -- 0.269 0.090
376 P     0.998                -- 0.009 0.003
377 K E N 0.434  0.252  0.138  -- 1.558 0.520
378 D     0.998                -- 0.014 0.005
379 V     0.992                -- 0.047 0.016
380 Q S N 0.599  0.253  0.110  -- 1.087 0.363
381 N D S 0.728  0.060  0.052  -- 1.227 0.410
382 A     1.000                -- 0.000 0.000
383 M I L 0.532  0.227  0.191  -- 1.152 0.385
384 V     0.998                -- 0.014 0.005
385 I L   0.608  0.381         -- 0.730 0.244
386 G     1.000                -- 0.000 0.000
387 G     1.000                -- 0.000 0.000
388 H     1.000                -- 0.000 0.000
389 G     1.000                -- 0.000 0.000
390 D     1.000                -- 0.000 0.000
392 T K   0.947  0.029         -- 0.292 0.097
393 M     1.000                -- 0.000 0.000
394 V I   0.968  0.031         -- 0.139 0.046
395 P     1.000                -- 0.000 0.000
396 L     0.997                -- 0.015 0.005
397 P T V 0.537  0.315  0.060  -- 1.179 0.394
398 R     0.999                -- 0.008 0.003
399 Y     0.995                -- 0.031 0.010
400 C V   0.907  0.071         -- 0.390 0.130
401 T S   0.979  0.020         -- 0.099 0.033
402 V I   0.986  0.014         -- 0.074 0.025
406 S G N 0.449  0.435  0.108  -- 1.002 0.335
407 V I L 0.352  0.171  0.101  -- 2.223 0.742
408 G     1.000                -- 0.000 0.000
409 I V   0.964  0.033         -- 0.165 0.055
412 P     1.000                -- 0.000 0.000
413 L     0.996                -- 0.028 0.009
419 S P A 0.444  0.284  0.083  -- 1.544 0.515
420 E D   0.658  0.333         -- 0.679 0.227
421 F     0.999                -- 0.008 0.003
422 I V   0.927  0.071         -- 0.265 0.088
428 K R   0.962  0.028         -- 0.181 0.060
429 K Q R 0.523  0.352  0.059  -- 1.158 0.386
430 G     0.995                -- 0.037 0.012
431 L M Q 0.509  0.247  0.072  -- 1.533 0.512
432 I V L 0.667  0.284  0.034  -- 0.809 0.270
433 T S   0.926  0.063         -- 0.295 0.099
439 Q E H 0.935  0.035  0.017  -- 0.325 0.109
440 E D   0.892  0.075         -- 0.468 0.156
441 E Q K 0.723  0.137  0.122  -- 0.839 0.280
442 I L V 0.839  0.111  0.047  -- 0.552 0.184
443 D E   0.968  0.021         -- 0.166 0.055
444 E D   0.968  0.029         -- 0.141 0.047
445 I     0.999                -- 0.008 0.003
446 V I   0.710  0.288         -- 0.609 0.203
447 E K Q 0.783  0.144  0.059  -- 0.715 0.239
448 R K   0.799  0.200         -- 0.501 0.167
449 T     1.000                -- 0.000 0.000
450 R     0.992                -- 0.047 0.016
451 N     0.986                -- 0.087 0.029
452 A G S 0.862  0.093  0.036  -- 0.516 0.172
453 G     1.000                -- 0.000 0.000
454 G A   0.959  0.040         -- 0.176 0.059
455 E     1.000                -- 0.000 0.000
456 I     1.000                -- 0.000 0.000
457 V     0.997                -- 0.020 0.007
458 N D S 0.704  0.159  0.049  -- 1.014 0.339
459 L     1.000                -- 0.000 0.000
460 L     0.999                -- 0.008 0.003
462 K     0.994                -- 0.037 0.012
463 T S   0.963  0.030         -- 0.179 0.060
464 G S   0.935  0.054         -- 0.267 0.089
468 S     0.999                -- 0.008 0.003
469 A     1.000                -- 0.000 0.000
470 Y F   0.774  0.222         -- 0.560 0.187
471 F Y   0.907  0.093         -- 0.309 0.103
472 A     1.000                -- 0.000 0.000
473 P     1.000                -- 0.000 0.000
474 A     1.000                -- 0.000 0.000
475 A     0.999                -- 0.008 0.003
476 S A   0.957  0.043         -- 0.177 0.059
477 A     0.995                -- 0.027 0.009
478 V I   0.532  0.467         -- 0.698 0.233
479 E A K 0.874  0.055  0.035  -- 0.564 0.188
480 M     1.000                -- 0.000 0.000
481 A V   0.972  0.027         -- 0.125 0.042
482 E Q K 0.892  0.061  0.042  -- 0.435 0.145
483 A S   0.940  0.059         -- 0.225 0.075
484 Y     1.000                -- 0.000 0.000
485 L     0.998                -- 0.016 0.005
486 K R   0.966  0.021         -- 0.187 0.062
487 D     1.000                -- 0.000 0.000
489 Q K E 0.507  0.349  0.121  -- 1.095 0.366
490 K     0.998                -- 0.016 0.005
491 R S Q 0.833  0.064  0.062  -- 0.686 0.229
493 I V L 0.535  0.421  0.041  -- 0.842 0.281
494 L     0.988                -- 0.070 0.023
495 P V T 0.568  0.412  0.014  -- 0.785 0.262
496 C     1.000                -- 0.000 0.000
497 S     0.995                -- 0.031 0.011
498 A V   0.957  0.030         -- 0.213 0.071
499 Y     0.999                -- 0.008 0.003
501 L     1.000                -- 0.000 0.000
508 N D E 0.927  0.036  0.030  -- 0.343 0.115
509 G     1.000                -- 0.000 0.000
513 Q E   0.813  0.183         -- 0.500 0.167
518 Y     1.000                -- 0.000 0.000
519 G     0.995                -- 0.031 0.011
521 V I C 0.950  0.029  0.012  -- 0.260 0.087
523 K R   0.904  0.076         -- 0.394 0.131
525 D N G 0.911  0.073  0.014  -- 0.350 0.117
527 L M I 0.839  0.112  0.048  -- 0.551 0.184
528 F Y   0.938  0.062         -- 0.232 0.078
529 V I   0.910  0.081         -- 0.340 0.114
530 G     1.000                -- 0.000 0.000
531 V     0.996                -- 0.030 0.010
532 P     1.000                -- 0.000 0.000
533 V A C 0.925  0.051  0.021  -- 0.324 0.108
534 V I   0.757  0.242         -- 0.554 0.185
535 I     0.999                -- 0.008 0.003
536 G     0.999                -- 0.008 0.003
537 K R A 0.926  0.022  0.012  -- 0.386 0.129
538 N     0.996                -- 0.023 0.008
545 G     1.000                -- 0.000 0.000
546 V I   0.984  0.015         -- 0.091 0.030
547 E     0.997                -- 0.022 0.007
548 K R   0.966  0.027         -- 0.172 0.058
549 V I   0.951  0.047         -- 0.198 0.066
550 I V   0.862  0.137         -- 0.407 0.136
553 E     1.000                -- 0.000 0.000
554 L I   0.967  0.013         -- 0.183 0.061
557 E D Q 0.757  0.203  0.021  -- 0.715 0.239
558 L     1.000                -- 0.000 0.000
559 T S   0.971  0.025         -- 0.143 0.048
560 P E A 0.392  0.316  0.131  -- 1.527 0.510
561 E D   0.985  0.011         -- 0.091 0.030
563 E     1.000                -- 0.000 0.000
564 K R Q 0.876  0.079  0.043  -- 0.464 0.155
565 E Q K 0.712  0.250  0.019  -- 0.764 0.255
566 L M   0.565  0.429         -- 0.717 0.239
567 F     0.998                -- 0.014 0.005
568 D E N 0.645  0.228  0.048  -- 1.090 0.364
569 K E R 0.919  0.049  0.014  -- 0.364 0.122
570 S     1.000                -- 0.000 0.000
571 V I   0.701  0.298         -- 0.610 0.204
572 E D   0.885  0.095         -- 0.434 0.145
573 S A   0.923  0.063         -- 0.320 0.107
574 V I   0.914  0.086         -- 0.293 0.098
575 R K   0.790  0.201         -- 0.547 0.183
576 K N E 0.425  0.224  0.216  -- 1.510 0.504
577 L M   0.983  0.013         -- 0.086 0.029
578 V I T 0.771  0.135  0.037  -- 0.835 0.279
579 E Q D 0.808  0.101  0.067  -- 0.694 0.232
581 A T S 0.433  0.230  0.228  -- 1.518 0.507
582 V I L 0.376  0.311  0.256  -- 1.286 0.429
583 K R   0.939  0.035         -- 0.314 0.105
584 S A E 0.372  0.303  0.094  -- 1.737 0.580
585 L M I 0.813  0.096  0.058  -- 0.691 0.231
586 N S D 0.625  0.115  0.081  -- 1.415 0.472
587 A S T 0.423  0.257  0.167  -- 1.652 0.551 -- change to L in AncMDH3

End of node sequence

total log prob: -435.865 --- total prob: 5.082e-190