# Qi et al., Sup File 4: Raw data and R scripts for graphs and statistical analysis
# Data generated by Xingyun Qi, Soon-Ki Han, Jonathan Dang 
# R analysis by Keiko Torii
# March 2, 2017 compiled

Figure 1 figure supplement 1

> MK210 <-read.csv("MK210comp.csv", header=T)
> MK210
   Genotype        SI
1        WT 17.543860
2        WT 17.021277
3        WT 22.222222
4        WT 15.217391
5        WT 21.568627
6        WT 20.967742
7    triple 65.591398
8    triple 65.686275
9    triple 60.769231
10   triple 54.014599
11   triple 51.200000
12   triple 64.356436
13    ERL1Y  9.803922
14    ERL1Y  7.514451
15    ERL1Y 10.062893
16    ERL1Y 13.541667
17    ERL1Y  8.888889
18    ERL1Y 10.285714
19   double 13.265306
20   double 12.500000
21   double 13.084112
22   double 12.605042
23   double 14.598540
24   double 12.101911

> summary(MK210)
   Genotype       SI        
 double:6   Min.   : 7.514  
 ERL1Y :6   1st Qu.:12.400  
 triple:6   Median :14.908  
 WT    :6   Mean   :25.600  
            3rd Qu.:29.467  
            Max.   :65.686  

> MK210$Genotype <-factor(MK210$Genotype, levels=c("WT", "triple", "ERL1Y", "double"), ordered=TRUE)

> ggplot(MK210, aes(x=Genotype,y=SI)) +geom_boxplot(aes(fill=Genotype))
> ggplot(MK210, aes(x=Genotype,y=SI)) +geom_boxplot(aes(fill=Genotype))+scale_fill_brewer(palette="GnBu") + theme_linedraw()
> ggsave("MK210.eps", height=7, width=5)

> attach(MK210)
> summary(MK210)
   Genotype       SI        
 WT    :6   Min.   : 7.514  
 triple:6   1st Qu.:12.400  
 ERL1Y :6   Median :14.908  
 double:6   Mean   :25.600  
            3rd Qu.:29.467  
            Max.   :65.686  
> MK210ana <-data.frame(Genotype, SI)
> LMMK210ana <-lm(SI~Genotype)
> summary(LMMK210ana)

Call:
lm(formula = SI ~ Genotype)

Residuals:
    Min      1Q  Median      3Q     Max 
-9.0697 -1.2321  0.0525  2.0278  5.4166 

Coefficients:
            Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
(Intercept)  25.6005     0.7375   34.71  < 2e-16 ***
Genotype.L  -15.3051     1.4750  -10.38 1.69e-09 ***
Genotype.Q  -19.0850     1.4750  -12.94 3.55e-11 ***
Genotype.C   32.3550     1.4750   21.94 1.84e-15 ***
---
Signif. codes:  
0 *** 0.001 ** 0.01 * 0.05 . 0.1   1

Residual standard error: 3.613 on 20 degrees of freedom
Multiple R-squared:  0.9742,	Adjusted R-squared:  0.9704 
F-statistic: 252.1 on 3 and 20 DF,  p-value: 4.711e-16

> AMK210 <-aov(LMMK210ana)
> TukeyHSD(AMK210)
  Tukey multiple comparisons of means
    95% family-wise confidence level

Fit: aov(formula = LMMK210ana)

$Genotype
                    diff        lwr         upr
triple-WT      41.179470  35.341113  47.0178268
ERL1Y-WT       -9.073931 -14.912288  -3.2355735
double-WT      -6.064368 -11.902725  -0.2260109
ERL1Y-triple  -50.253400 -56.091757 -44.4150432
double-triple -47.243838 -53.082195 -41.4054806
double-ERL1Y    3.009563  -2.828794   8.8479197
                  p adj
triple-WT     0.0000000
ERL1Y-WT      0.0016282
double-WT     0.0399893
ERL1Y-triple  0.0000000
double-triple 0.0000000
double-ERL1Y  0.4887617


# qRT-PCR analysis and graphs
# Figures 2C, D, E, Figure 3  figure supplement 1C
# Raw data generated and analyzed by Soon-Ki Han 
# R analysis by Keiko Torii

#Load Dplyr package for calculating and plotting standard deviation
> library("dplyr")

#Load qRT-PCR data for ERL1 (Fig. 2G)

> ERL1q<-read.csv("ERL1qRT.csv", header=T)
> ERL1q
   treatment hour expression
1       mock    2 0.15774764
2       mock    2 0.17728700
3       mock    2 0.15926086
4       mock    4 0.18112268
5       mock    4 0.18394341
6       mock    4 0.20748940
7       mock    6 0.15670265
8       mock    6 0.16536688
9       mock    6 0.15049081
10      mock    8 0.14834085
11      mock    8 0.18302952
12      mock    8 0.12375356
13      mock   10 0.08593220
14      mock   10 0.08253109
15      mock   10 0.08630280
16      mock   12 0.11696066
17      mock   12 0.12836496
18      mock   12 0.11745966
19       est    2 0.24342234
20       est    2 0.24082996
21       est    2 0.21041632
22       est    4 0.33202051
23       est    4 0.32873322
24       est    4 0.30229082
25       est    6 0.38513965
26       est    6 0.32799479
27       est    6 0.32094365
28       est    8 0.49456949
29       est    8 0.45757519
30       est    8 0.40099425
31       est   10 0.58727298
32       est   10 0.57797029
33       est   10 0.54771832
34       est   12 0.72837589
35       est   12 0.62620900
36       est   12 0.66316639

> ERL1q$hour <-as.factor(ERL1q$hour)

#Specifying means and standard deviations for each datapoint
> ERL1qdf <-ERL1q %>% group_by(treatment, hour) %>% summarise(sd=sd(expression), expression =mean(expression))

> ERL1qdf
Source: local data frame [12 x 4]
Groups: treatment [?]

   treatment   hour          sd expression
      <fctr> <fctr>       <dbl>      <dbl>
1        est      2 0.018353508 0.23155620
2        est      4 0.016298573 0.32101485
3        est      6 0.035205067 0.34469270
4        est      8 0.047128027 0.45104631
5        est     10 0.020681281 0.57098720
6        est     12 0.051730392 0.67258376
7       mock      2 0.010870586 0.16476517
8       mock      4 0.014477422 0.19085183
9       mock      6 0.007471648 0.15752011
10      mock      8 0.029781084 0.15170798
11      mock     10 0.002078889 0.08492203
12      mock     12 0.006445059 0.12092843

#Specify factor for graphs
> ERL1graph <-ggplot(ERL1qdf, aes(x=hour, y=expression, ymin=expression-sd, ymax=expression+sd))

#Draw graphs
> ERL1line <-ERL1graph + geom_line(aes(group=treatment, color=treatment)) +geom_point(aes(color=treatment), size=4)+geom_errorbar(aes(color=treatment))

#Set two different colors for each line graph
> ERL1line + scale_color_manual(values=c("#44D62C","#035F1D")) + theme_linedraw()

#Export graphs as eps file
> ggsave("ERL1qRT3.eps", height=7, width=5)



#Load qRT-PCR data for EPF1 (Fig. 2H)
> EPFq2 <-read.csv("EPF1qRT.csv", header=T)
> EPFq2
   treatment hour expression
1       mock    2  1.5986666
2       mock    2  1.4159235
3       mock    2  1.6026107
4       mock    4  1.4603698
5       mock    4  1.2844952
6       mock    4  1.5049967
7       mock    6  1.0450971
8       mock    6  0.9716525
9       mock    6  1.1473749
10      mock    8  0.6910223
11      mock    8  0.6462364
12      mock    8  0.6803281
13      mock   10  0.5166274
14      mock   10  0.4881528
15      mock   10  0.5873535
16      mock   12  0.5269238
17      mock   12  0.5788368
18      mock   12  0.5101277
19       est    2  1.4801055
20       est    2  1.4772508
21       est    2  1.5865933
22       est    4  1.4787647
23       est    4  1.5771673
24       est    4  1.4325579
25       est    6  1.1659207
26       est    6  1.2831222
27       est    6  1.3355044
28       est    8  1.0323591
29       est    8  0.9651299
30       est    8  1.0952045
31       est   10  0.7659262
32       est   10  0.8808248
33       est   10  0.8717485
34       est   12  0.7939021
35       est   12  0.8681885
36       est   12  0.8774819


> EPFq2$hour <-as.factor(EPFq2$hour)

#Specifying means and standard deviations for each datapoint
> EPFqdf <-EPFq2 %>% group_by(treatment, hour) %>% summarise(sd=sd(expression), expression =mean(expression))
> 
> EPFqdf
Source: local data frame [12 x 4]
Groups: treatment [?]

   treatment   hour         sd expression
      <fctr> <fctr>      <dbl>      <dbl>
1        est      2 0.06232119  1.5146499
2        est      4 0.07385800  1.4961633
3        est      6 0.08683197  1.2615158
4        est      8 0.06504961  1.0308978
5        est     10 0.06387808  0.8394999
6        est     12 0.04580833  0.8465242
7       mock      2 0.10666356  1.5390670
8       mock      4 0.11657926  1.4166206
9       mock      6 0.08825455  1.0547082
10      mock      8 0.02338937  0.6725289
11      mock     10 0.05107800  0.5307112
12      mock     12 0.03581897  0.5386294

#Specify factor for graphs
> EPFgraph <-ggplot(EPFqdf, aes(x=hour, y=expression, ymin=expression-sd, ymax=expression+sd))

#Draw graphs
> EPFline <-EPFgraph + geom_line(aes(group=treatment, color=treatment)) +geom_point(aes(color=treatment), size=4)+geom_errorbar(aes(color=treatment))

#Set two different colors for each line graph
> EPFline + scale_color_manual(values=c("#2DC84D", "#004E42")) + theme_linedraw()

#Export graphs as eps file
> ggsave("EPF1qRT3.eps", height=7, width=5)

#iMUTE qRT-PCR Data

> iMUTE <-read.csv("iMUTEq.csv", header=T)
> iMUTE
   treatment hour  expression
1       mock    2 0.001529581
2       mock    2 0.001703024
3       mock    2 0.001387415
4       mock    4 0.001025421
5       mock    4 0.000963034
6       mock    4 0.001078899
7       mock    6 0.000744265
8       mock    6 0.000744863
9       mock    6 0.000821062
10      mock    8 0.000713981
11      mock    8 0.000681167
12      mock    8 0.000762048
13      mock   10 0.000551280
14      mock   10 0.000608473
15      mock   10 0.000541222
16      mock   12 0.000423554
17      mock   12 0.000409910
18      mock   12 0.000461657
19       est    2 0.305519400
20       est    2 0.296859076
21       est    2 0.285122207
22       est    4 0.661267659
23       est    4 0.672096913
24       est    4 0.670639996
25       est    6 0.771077300
26       est    6 0.764808676
27       est    6 0.782657507
28       est    8 0.955373648
29       est    8 0.940006135
30       est    8 0.959937015
31       est   10 0.880009981
32       est   10 0.880135252
33       est   10 0.846829915
34       est   12 0.719606527
35       est   12 0.660842623
36       est   12 0.766339601

> iMUTE$hour <-as.factor(iMUTE$hour)

> iMUTEqdf <-iMUTE %>% group_by(treatment, hour) %>% summarise(sd=sd(expression), expression=mean(expression))

> iMUTEqdf
Source: local data frame [12 x 4]
Groups: treatment [?]

   treatment   hour           sd   expression
      <fctr> <fctr>        <dbl>        <dbl>
1        est      2 1.023719e-02 0.2958335610
2        est      4 5.877018e-03 0.6680015227
3        est      6 9.055179e-03 0.7728478277
4        est      8 1.044210e-02 0.9517722660
5        est     10 1.919278e-02 0.8689917160
6        est     12 5.286270e-02 0.7155962503
7       mock      2 1.580626e-04 0.0015400067
8       mock      4 5.798956e-05 0.0010224513
9       mock      6 4.416715e-05 0.0007700633
10      mock      8 4.067950e-05 0.0007190653
11      mock     10 3.627419e-05 0.0005669917
12      mock     12 2.681961e-05 0.0004317070

> iMUTEgraph <-ggplot(iMUTEqdf, aes(x=hour, y=expression, ymin=expression-sd, ymax=expression+sd))

> iMUTEline <-iMUTEgraph + geom_line(aes(group=treatment, color=treatment), size=2) + geom_point(aes(color=treatment), size=4) + geom_errorbar(aes(color=treatment))

> iMUTEline + scale_color_manual(values=c("#ff33ff", "#9900cc")) + theme_linedraw()
> ggsave("iMUTEqRT.eps", height=7, width=5)


#iEPF1 qRT-PCR
> iEPF1q <-read.csv("iEPF1q.csv", header=T)
> iEPF1q
   treatment hour  expression
1       mock    2 0.001738073
2       mock    2 0.001626696
3       mock    2 0.001630400
4       mock    5 0.002219610
5       mock    5 0.002002421
6       mock    5 0.002153670
7       mock   10 0.001275007
8       mock   10 0.001472033
9       mock   10 0.001755954
10      mock   15 0.001893750
11      mock   15 0.001355925
12      mock   15 0.001977236
13      mock   20 0.001782832
14      mock   20 0.001538019
15      mock   20 0.001986220
16      mock   24 0.002387530
17      mock   24 0.002267498
18      mock   24 0.002529711
19       est    2 0.461700430
20       est    2 0.319779825
21       est    2 0.375297953
22       est    5 1.109117714
23       est    5 1.288636978
24       est    5 1.043072229
25       est   10 1.075275236
26       est   10 1.073790606
27       est   10 0.784921001
28       est   15 1.199817017
29       est   15 0.882551301
30       est   15 1.021774060
31       est   20 0.797823604
32       est   20 0.718008215
33       est   20 0.755505395
34       est   24 0.828183597
35       est   24 0.664575693
36       est   24 0.680136998

> iEPF1q$hour <-as.factor(iEPF1q$hour)
> iEPF1qdf <-iEPF1q %>% group_by(treatment, hour) %>% summarise(sd=sd(expression), expression=mean(expression))
> iEPF1qdf
Source: local data frame [12 x 4]
Groups: treatment [?]

   treatment   hour           sd  expression
      <fctr> <fctr>        <dbl>       <dbl>
1        est      2 0.0715181896 0.385592736
2        est      5 0.1270768915 1.146942307
3        est     10 0.1672091677 0.977995614
4        est     15 0.1590281976 1.034714126
5        est     20 0.0399319539 0.757112405
6        est     24 0.0903027278 0.724298763
7       mock      2 0.0000632614 0.001665056
8       mock      5 0.0001113518 0.002125234
9       mock     10 0.0002417783 0.001500998
10      mock     15 0.0003372074 0.001742304
11      mock     20 0.0002244193 0.001769024
12      mock     24 0.0001312623 0.002394913
> iEPF1graph <-ggplot(iEPF1qdf, aes(x=hour, y=expression, ymin=expression-sd, ymax=expression+sd))
> 
> iEPF1line <-iEPF1graph + geom_line(aes(group=treatment, color=treatment), size=2) + geom_point(aes(color=treatment), size=4) + geom_errorbar(aes(color=treatment))
> iEPF1line + scale_color_manual(values=c("#00cccc","#006666")) + theme_linedraw()
> ggsave("iEPF1qRT.eps", height=7, width=5)
>


# Qi et al., raw data and R scripts for analysis
# Figure 3
# Raw data generated and analyzed by Xingyun Qi 
# R analysis by Keiko Torii

#MUTE-GFP time course signal dynamics upon iEPF1
#Load the CSV file
>MUTEZ <-read.csv("MUTE_timez.csv", header=T)

#List all raw data
>MUTEZ
hours treatment intensity
1       0   initial    142162
2       0   initial    327247
3       0   initial    162302
4       0   initial    198846
5       0   initial    207128
6       0   initial     66355
7       0   initial    119114
8       0   initial     61544
9       0   initial    279068
10      0   initial    177208
11      0   initial    197123
12      0   initial    202413
13      0   initial     86333
14      0   initial    380388
15      0   initial    154762
16      0   initial     52096
17      0   initial    120714
18      0   initial    148494
19      0   initial     35203
20      0   initial    243919
21      0   initial    228625
22      0   initial    139145
23      0   initial    203929
24      0   initial     91917
25      0   initial    226667
26      0   initial    152432
27      0   initial     15221
28      0   initial    184575
29      0   initial    119106
30      0   initial    214296
31      0   initial     88076
32      0   initial    190169
33      0   initial    176141
34      0   initial    166670
35      0   initial    141303
36      0   initial     30189
37      0   initial    208622
38      0   initial    209104
39      0   initial    257833
40      0   initial    174258
41      0   initial    223554
42      0   initial    274647
43      0   initial    395750
44      0   initial    474300
45      0   initial    150202
46      0   initial    248857
47      0   initial     54607
48      0   initial    148908
49      0   initial    164091
50      0   initial    270464
51      0   initial     18579
52      0   initial    153839
53      0   initial     70416
54      0   initial    408257
55      0   initial     70006
56      0   initial    203533
57      0   initial    132538
58      0   initial    130589
59      0   initial    155664
60      0   initial    293398
61      0   initial    102526
62      0   initial    181509
63      0   initial    140177
64      5      mock    224907
65      5      mock    174644
66      5      mock    140266
67      5      mock    119981
68      5      mock     91386
69      5      mock     36213
70      5      mock    234728
71      5      mock    273471
72      5      mock    197857
73      5      mock    129586
74      5      mock    144486
75      5      mock    175321
76      5      mock    169583
77      5      mock     98838
78      5      mock    114656
79      5      mock    360329
80      5      mock    153183
81      5      mock    318196
82      5      mock    125049
83      5      mock     38354
84      5      mock    370697
85      5      mock    428131
86      5      mock    114486
87      5      mock    178201
88      5      mock    168176
89      5      mock    192700
90      5      mock    179570
91      5      mock    171822
92      5      mock    433127
93      5      mock    458317
94      5      mock    283505
95      5      mock    166877
96      5      mock     36725
97      5      mock    142588
98      5      mock    336298
99      5      mock    394621
100     5      mock    404282
101     5      mock     89270
102     5      mock    231790
103     5      mock    174644
104     5      mock    226270
105     5      mock    140266
106    10      mock    210859
107    10      mock    257717
108    10      mock    117641
109    10      mock    400073
110    10      mock    365452
111    10      mock    132545
112    10      mock    164111
113    10      mock     52179
114    10      mock    216553
115    10      mock    252627
116    10      mock    260310
117    10      mock    219887
118    10      mock    179678
119    10      mock    153282
120    10      mock     92429
121    10      mock    296992
122    10      mock    218890
123    10      mock    112234
124    10      mock    332679
125    10      mock    204665
126    10      mock    242517
127    10      mock    149772
128    10      mock    356845
129    10      mock    265815
130    10      mock    323588
131    10      mock    216853
132    10      mock    124661
133    10      mock    106287
134    10      mock    221211
135    10      mock    368238
136    10      mock    136681
137    10      mock    329766
138    10      mock    406233
139    10      mock    324221
140    10      mock    154916
141    10      mock    456413
142    10      mock    329414
143    10      mock    268940
144    10      mock    240791
145    15      mock    236879
146    15      mock    325606
147    15      mock    284183
148    15      mock    352941
149    15      mock    262252
150    15      mock    449846
151    15      mock    310786
152    15      mock    360397
153    15      mock    279400
154    15      mock    458050
155    15      mock    216689
156    15      mock    279894
157    15      mock    287096
158    15      mock    279788
159    15      mock    238088
160    15      mock    388294
161    15      mock     64987
162    15      mock    104626
163    15      mock    380844
164    15      mock    262941
165    15      mock    333301
166    15      mock    497217
167    15      mock    180465
168    15      mock    211267
169    15      mock    142862
170    15      mock    182121
171    15      mock    191418
172    15      mock    136400
173    15      mock    227979
174    15      mock    321478
175    15      mock    215239
176    15      mock    214689
177    15      mock    397701
178    15      mock    293675
179    15      mock    406390
180    15      mock    238320
181    15      mock    366374
182    15      mock    349462
183    15      mock    166956
184    15      mock    268200
185    15      mock    104942
186    15      mock    429936
187    15      mock    144564
188    15      mock    329934
189    20      mock    196547
190    20      mock    105518
191    20      mock    228263
192    20      mock    223238
193    20      mock    118087
194    20      mock    324769
195    20      mock    366798
196    20      mock    220283
197    20      mock    544946
198    20      mock    241941
199    20      mock    398672
200    20      mock    308124
201    20      mock    291970
202    20      mock    140877
203    20      mock    159925
204    20      mock    121389
205    20      mock    227185
206    20      mock    140678
207    20      mock     96689
208    20      mock    122321
209    20      mock    165744
210    20      mock    194014
211    20      mock    193835
212    20      mock    157862
213    20      mock    196516
214    20      mock     90208
215    20      mock    125570
216    20      mock    228747
217    20      mock    178567
218    20      mock     92131
219    20      mock    232879
220    20      mock    261651
221    20      mock    134338
222    20      mock    435174
223    20      mock    144333
224    20      mock    212854
225    20      mock    177830
226    20      mock    193835
227    20      mock     94902
228    20      mock    157862
229    20      mock    197449
230    20      mock    114373
231    20      mock    186281
232    20      mock    125237
233    20      mock    260778
234    20      mock    208711
235    24      mock     69807
236    24      mock    129299
237    24      mock    240721
238    24      mock    340231
239    24      mock    528854
240    24      mock    161208
241    24      mock    190761
242    24      mock    241885
243    24      mock    507536
244    24      mock    495171
245    24      mock    345593
246    24      mock    316398
247    24      mock     67695
248    24      mock    547850
249    24      mock    369617
250    24      mock    251390
251    24      mock    141516
252    24      mock    162046
253    24      mock    235217
254    24      mock    154303
255    24      mock     98321
256    24      mock     76083
257    24      mock         0
258    24      mock         0
259    24      mock    298433
260    24      mock    449171
261    24      mock    140450
262    24      mock    100976
263    24      mock    461898
264    24      mock    176882
265    24      mock     15237
266    24      mock    165916
267    24      mock    195030
268    24      mock    110993
269    24      mock     53906
270    24      mock    202936
271    24      mock    403169
272    24      mock    344937
273    24      mock    322053
274    24      mock    379138
275    24      mock    199662
276    24      mock    179892
277     5       Est    202687
278     5       Est    147433
279     5       Est    181692
280     5       Est     44716
281     5       Est    280266
282     5       Est    113849
283     5       Est    221087
284     5       Est    194114
285     5       Est    220038
286     5       Est    188763
287     5       Est    167866
288     5       Est    201949
289     5       Est    156211
290     5       Est    193232
291     5       Est     95111
292     5       Est     79364
293     5       Est    244986
294     5       Est    245017
295     5       Est    139577
296     5       Est    201422
297     5       Est    102662
298     5       Est    109958
299     5       Est    158356
300     5       Est     60543
301     5       Est    159027
302     5       Est    150768
303     5       Est    192182
304     5       Est     91617
305     5       Est     98333
306     5       Est    129991
307     5       Est     82251
308     5       Est    360634
309     5       Est    253284
310     5       Est    508247
311     5       Est     96734
312     5       Est    391567
313     5       Est    375907
314     5       Est    349362
315     5       Est    295412
316     5       Est    265892
317     5       Est    147935
318     5       Est    215677
319     5       Est    221900
320     5       Est    119285
321     5       Est    167922
322    10       Est    484886
323    10       Est    278680
324    10       Est    216782
325    10       Est    218173
326    10       Est    330298
327    10       Est    291893
328    10       Est    465687
329    10       Est    234453
330    10       Est    166796
331    10       Est    188480
332    10       Est    400093
333    10       Est     75258
334    10       Est    436259
335    10       Est    208666
336    10       Est    243281
337    10       Est    207708
338    10       Est    473955
339    10       Est    426615
340    10       Est    110512
341    10       Est    252948
342    10       Est     67761
343    10       Est    223153
344    10       Est    193677
345    10       Est    128208
346    10       Est    492212
347    10       Est    268541
348    10       Est    165688
349    10       Est    278763
350    10       Est    205054
351    10       Est    199398
352    10       Est    351953
353    10       Est    131651
354    10       Est    167074
355    10       Est    158350
356    10       Est    138903
357    10       Est    201868
358    10       Est    462680
359    10       Est    307260
360    10       Est    225363
361    10       Est    157109
362    10       Est    191105
363    10       Est    221373
364    10       Est    174817
365    10       Est    168008
366    15       Est    301728
367    15       Est         0
368    15       Est         0
369    15       Est    194218
370    15       Est    125196
371    15       Est    455453
372    15       Est    313803
373    15       Est    256299
374    15       Est    479917
375    15       Est    185340
376    15       Est    205058
377    15       Est    297756
378    15       Est    171372
379    15       Est    416962
380    15       Est    297757
381    15       Est     83598
382    15       Est    190697
383    15       Est    110688
384    15       Est    219052
385    15       Est    183304
386    15       Est    104335
387    15       Est     69234
388    15       Est         0
389    15       Est         0
390    15       Est    406082
391    15       Est         0
392    15       Est         0
393    15       Est    162150
394    15       Est    103750
395    15       Est         0
396    15       Est         0
397    15       Est     74236
398    15       Est    234482
399    15       Est    104946
400    15       Est    302603
401    15       Est     23828
402    15       Est     87044
403    15       Est     44865
404    15       Est     14513
405    15       Est      8994
406    20       Est         0
407    20       Est         0
408    20       Est         0
409    20       Est         0
410    20       Est     26197
411    20       Est         0
412    20       Est         0
413    20       Est         0
414    20       Est         0
415    20       Est         0
416    20       Est         0
417    20       Est         0
418    20       Est         0
419    20       Est         0
420    20       Est         0
421    20       Est         0
422    20       Est         0
423    20       Est    259909
424    20       Est     41695
425    20       Est         0
426    20       Est         0
427    20       Est         0
428    20       Est         0
429    20       Est    336225
430    20       Est         0
431    20       Est         0
432    20       Est         0
433    20       Est         0
434    20       Est         0
435    20       Est         0
436    20       Est         0
437    20       Est         0
438    20       Est         0
439    20       Est       806
440    20       Est      1159
441    20       Est       551
442    20       Est     35311
443    20       Est         0
444    20       Est         0
445    20       Est         0
446    20       Est     38981
447    20       Est         0
448    20       Est         0
449    20       Est         0
450    20       Est         0
451    20       Est         0
452    20       Est     85281
453    20       Est         0
454    20       Est         0
455    20       Est         0
456    20       Est    192079
457    24       Est      1979
458    24       Est         0
459    24       Est         0
460    24       Est         0
461    24       Est         0
462    24       Est         0
463    24       Est         0
464    24       Est         0
465    24       Est         0
466    24       Est         0
467    24       Est         0
468    24       Est         0
469    24       Est         0
470    24       Est         0
471    24       Est         0
472    24       Est         0
473    24       Est         0
474    24       Est     11563
475    24       Est         0
476    24       Est         0
477    24       Est         0
478    24       Est         0
479    24       Est         0
480    24       Est         0
481    24       Est         0
482    24       Est         0
483    24       Est         0
484    24       Est         0
485    24       Est         0
486    24       Est         0
487    24       Est         0
488    24       Est         0
489    24       Est         0
490    24       Est         0
491    24       Est     67294
492    24       Est         0
493    24       Est         0
494    24       Est         0
495    24       Est         0
>

# Specify factor as hours
MUTEZ$hours <-as.factor(MUTEZ$hours)

#For easily viewing data points of mock and est (induced; iEPF1), dodge the data points.
>MZ <-ggplot(MUTEZ, aes(x=hours, y=intensity, color = treatment)) +geom_point(position=position_dodge(width=0.2))

#Choose the nice, vivid colors for the graph using HTML code (this time used "web safe" colors from Adobe Photoshop :)
>Mgood <-MZ + scale_color_manual(values=c("#ff66ff", "#9966ff","#00ccff")) + theme_linedraw()

# Use "mean" for average. fun.y="mean"!!
>Mgood +stat_summary(fun.y="mean", geom="point", pch="_", size =12)

#Save the beautiful graph as eps file as Fig. 3D :)
>ggsave("MUTEGz.eps", height=7, width=7)


#SCRMpro-nucGFP time-course signal dynamics upon iEPF1

> SCRM <-read.csv("AR152.csv", header=T)
> SCRM
    hours treatment intensity
1       0   initial    454746
2       0   initial    293057
3       0   initial    409276
4       0   initial    459763
5       0   initial    228496
6       0   initial    215239
7       0   initial    558588
8       0   initial    267333
9       0   initial    478988
10      0   initial    480815
11      0   initial    360318
12      0   initial    467696
13      0   initial    487108
14      0   initial    197824
15      0   initial    270283
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603    15       est    168900
604    15       est    238484
605    15       est    173387
606    15       est     78378
607    15       est    240476
608    15       est     92111
609    15       est    130805
610    15       est    192347
611    15       est    237408
612    15       est    177112
613    15       est    172490
614    15       est    173274
615    15       est    375027
616    15       est    201395
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618    15       est    204944
619    20      mock    508805
620    20      mock    179347
621    20      mock    326818
622    20      mock    232293
623    20      mock     92834
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627    20      mock    189301
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634    20      mock    284365
635    20      mock    136571
636    20      mock    202414
637    20      mock    285808
638    20      mock    222310
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651    20      mock    220057
652    20      mock    128924
653    20      mock    164368
654    20      mock    266948
655    20      mock    220243
656    20      mock    110150
657    20      mock     88840
658    20       est    201514
659    20       est    186884
660    20       est    192021
661    20       est    349379
662    20       est    239382
663    20       est    284491
664    20       est     84805
665    20       est    172231
666    20       est    324016
667    20       est    116871
668    20       est    219345
669    20       est    378386
670    20       est    301639
671    20       est    151965
672    20       est    392020
673    20       est    246575
674    20       est    129233
675    20       est     77035
676    20       est    148323
677    20       est    203341
678    20       est    225946
679    20       est    392532
680    20       est    204540
681    20       est    106321
682    20       est     65330
683    20       est    397366
684    20       est    184976
685    20       est    118919
686    20       est    241202
687    20       est    196453
688    20       est    238188
689    20       est    247057
690    20       est    356279
691    20       est    232865
692    20       est    216429
693    20       est    253499
694    20       est    146178
695    20       est    169719
696    20       est    166082
697    20       est    226158
698    20       est    211648
699    20       est    290625
700    20       est    271370
701    20       est    226516
702    20       est    235660
703    20       est    197414
704    20       est    301691
705    24      mock    291409
706    24      mock    158150
707    24      mock    145403
708    24      mock    284331
709    24      mock    101009
710    24      mock    198027
711    24      mock    237408
712    24      mock    226824
713    24      mock    421457
714    24      mock    256385
715    24      mock    469694
716    24      mock    232786
717    24      mock    157670
718    24      mock    271652
719    24      mock    306071
720    24      mock    348812
721    24      mock     63366
722    24      mock    131158
723    24      mock    254815
724    24      mock    123165
725    24      mock    193114
726    24      mock    188541
727    24      mock    374674
728    24      mock    276062
729    24      mock    234661
730    24      mock    146363
731    24      mock    117969
732    24      mock    174537
733    24      mock    133703
734    24      mock    216294
735    24      mock    182177
736    24      mock    222061
737    24      mock    134215
738    24      mock    185292
739    24      mock    183362
740    24      mock    319516
741    24      mock    252646
742    24      mock    121048
743    24      mock    109481
744    24      mock     72664
745    24      mock    306771
746    24      mock    181518
747    24      mock    142468
748    24      mock    109420
749    24      mock    222615
750    24      mock    190631
751    24      mock    176708
752    24      mock    204350
753    24      mock    130318
754    24      mock    209701
755    24      mock    158774
756    24      mock    129726
757    24      mock    126726
758    24      mock    282468
759    24      mock    171010
760    24      mock    284736
761    24      mock    213966
762    24      mock    190359
763    24      mock    194202
764    24      mock    360911
765    24      mock    152352
766    24      mock    207457
767    24       est    200411
768    24       est    279652
769    24       est    299711
770    24       est    236702
771    24       est    301878
772    24       est    428730
773    24       est    117188
774    24       est    178932
775    24       est    171549
776    24       est    260342
777    24       est    176239
778    24       est    135375
779    24       est    200034
780    24       est    220061
781    24       est    166925
782    24       est    207189
783    24       est    244109
784    24       est    367616
785    24       est    158880
786    24       est    193174
787    24       est    208506
788    24       est    154943
789    24       est    184190
790    24       est    225083
791    24       est    163448
792    24       est    200693
793    24       est    338536
794    24       est    264455
795    24       est    281906
796    24       est     98601
797    24       est    230908
798    24       est     81239
799    24       est    246663
800    24       est    223973
801    24       est    213550
802    24       est    302520
803    24       est    165617
804    24       est    178788
805    24       est    385740
806    24       est    217511
807    24       est    165044
808    24       est    329987
809    24       est     99056
810    24       est    101468
811    24       est    171739
812    24       est     64144
813    24       est    157730
814    24       est    103215
815    24       est    191730
816    24       est    104177
817    24       est    202252

> SCRM$hours <-as.factor(SCRM$hours)
> SCRMp <-ggplot(SCRM, aes(x=hours, y=intensity, color=treatment)) +geom_point(position=position_dodge(width=0.2))
> SCRMp
> SCRMp2 <-SCRMp + scale_color_manual(values=c("#cc66ff", "#00cc00", "#00ffff")) + theme_linedraw()
> SCRMp2
> SCRMp2+stat_summary(fun.y="mean", geom="point", pch="_", size =12) 
> ggsave("SCRMproG.eps", height=7, width =7)

# GFP-SCRM fusion protein time course signal dynamics upon iEPF1

> GFPSCRM <-read.csv("GFPSCRM.csv", header=T)

> GFPSCRM
    hours treatment intensity
1       0   initial    418841
2       0   initial     96913
3       0   initial    113320
4       0   initial     63750
5       0   initial    222214
6       0   initial     51375
7       0   initial     72950
8       0   initial     32395
9       0   initial     38750
10      0   initial    159050
11      0   initial     86960
12      0   initial    181523
13      0   initial     41495
14      0   initial     52970
15      0   initial    108793
16      0   initial    161133
17      0   initial    134345
18      0   initial    100995
19      0   initial    101935
20      0   initial    219907
21      0   initial     56940
22      0   initial     61275
23      0   initial    106340
24      0   initial     89550
25      0   initial    127475
26      0   initial    112050
27      0   initial     98053
28      0   initial     60000
29      0   initial    106010
30      0   initial     78330
31      0   initial     63730
32      0   initial    108910
33      0   initial    212911
34      0   initial    146893
35      0   initial     90060
36      0   initial     45740
37      0   initial     59875
38      0   initial     85060
39      0   initial     96336
40      0   initial     92885
41      0   initial     91523
42      0   initial     71525
43      0   initial    373551
44      0   initial    128395
45      0   initial    145211
46      0   initial     11120
47      0   initial    207510
48      0   initial     40235
49      0   initial     74740
50      0   initial    101640
51      0   initial     67325
52      0   initial    124345
53      0   initial     26010
54      0   initial     42695
55      0   initial    167939
56      0   initial    124438
57      0   initial     61530
58      0   initial    132890
59      0   initial    139408
60      0   initial     95160
61      0   initial    114100
62      0   initial    142755
63      0   initial    159323
64      0   initial    174923
65      0   initial    175998
66      0   initial    115975
67      0   initial     97820
68      0   initial    101595
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357    24       est     38040
358    24       est     12535
359    24       est     19435
360    24       est     51560
361    24       est     29300
362    24       est     13120
363    24       est     50055
364    24       est     32470
365    24       est     44615
366    24       est     34010
367    24       est     72868
368    24       est     39820
> GFPSCRM$hours <- as.factor(GFPSCRM$hours)
> GFPSCRMgr <-ggplot(GFPSCRM, aes(x=hours, y=intensity, color=treatment)) + geom_point(position=position_dodge(width=0.2))
> GFPSCRMgr
> GFPSCRMgrc <-GFPSCRMgr + scale_color_manual(values=c("#ff66ff", "#9966ff", "#00ccff")) +theme_linedraw()
> GFPSCRMgrc
> GFPSCRMgrcl <-GFPSCRMgrc +stat_summary(fun.y="mean", geom="point", pitch="_", size=12)
Error: Unknown parameters: pitch
> GFPSCRMgrcl <-GFPSCRMgrc +stat_summary(fun.y="mean", geom="point", pch="_", size=12)
> GFPSCRMgrcl
> ggsave("GFPSCRM.eps", height=7, width=7)

#SPCHpro-nucGFP time-course signal dynamics upon iEPF1

> AR200q
    hours treatment intensity
1       0   initial    404713
2       0   initial    236377
3       0   initial    264571
4       0   initial    290620
5       0   initial    287776
6       0   initial    359807
7       0   initial    236507
8       0   initial    231508
9       0   initial    317531
10      0   initial    263268
11      0   initial    250028
12      0   initial    272235
13      0   initial    353987
14      0   initial    330776
15      0   initial    315942
16      0   initial    392819
17      0   initial    251447
18      0   initial    404348
19      0   initial    321171
20      0   initial    344959
21      0   initial    455193
22      0   initial    614958
23      0   initial    433629
24      0   initial    626467
25      0   initial    318242
26      0   initial    432546
27      0   initial    380365
28      0   initial    513249
29      0   initial    403791
30      0   initial    497911
31      0   initial    479394
32      0   initial    451028
33      0   initial    203973
34      0   initial    648259
35      0   initial    352310
36      0   initial    425251
37      0   initial    258301
38      0   initial    237851
39      0   initial    383468
40      0   initial    441931
41      0   initial    301715
42      0   initial    414756
43      0   initial    407648
44      0   initial    530204
45      0   initial    322056
46      0   initial    452216
47      0   initial    317718
48      0   initial    333844
49      0   initial    559732
50      0   initial    373304
51      0   initial    517165
52      0   initial    309029
53      0   initial    404274
54      0   initial    322724
55      0   initial    332293
56      0   initial    348344
57      0   initial    219404
58      0   initial    163258
59      0   initial    227569
60      0   initial    558455
61      0   initial    275730
62      0   initial    272416
63      0   initial    293098
64      0   initial    344964
65      0   initial    277474
66      0   initial    266378
67      0   initial    580090
68      0   initial    224889
69      0   initial    342353
70      0   initial    468631
71      0   initial    378446
72      0   initial    250924
73      0   initial    309102
74      0   initial    413633
75      0   initial    310018
76      0   initial    529723
77      0   initial    544492
78      0   initial    426372
79      0   initial    505103
80      0   initial    306764
81      0   initial    233452
82      0   initial    359571
83      0   initial    419770
84      0   initial    229006
85      0   initial    366142
86      0   initial    382838
87      0   initial    362984
88      0   initial    390608
89      0   initial    540736
90      0   initial    475390
91      0   initial    529670
92      0   initial    257248
93      0   initial    351583
94      0   initial    512426
95      0   initial    331248
96      0   initial    152964
97      0   initial    459752
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99      0   initial    208875
100     0   initial    105646
101     0   initial    395996
102     0   initial    130996
103     0   initial    388984
104     0   initial    307453
105     0   initial    285959
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107     0   initial    235270
108     0   initial    245830
109     0   initial    342846
110     0   initial    239984
111     0   initial    133650
112     0   initial    350217
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120     0   initial    468277
121     0   initial    471426
122     0   initial    265824
123     0   initial    444429
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125     0   initial    267261
126     0   initial    417574
127     0   initial    280002
128     0   initial    359963
129     0   initial    223596
130     0   initial    339417
131     0   initial    444261
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133     0   initial    398091
134     0   initial    307230
135     0   initial    297251
136     0   initial    215411
137     0   initial    331727
138     0   initial    391978
139     0   initial    231356
140     0   initial    461791
141     0   initial    308907
142     0   initial    211637
143     0   initial    253843
144     0   initial    368938
145     0   initial    359191
146     0   initial    646707
147     0   initial    257778
148     0   initial    345446
149     0   initial    321305
150     0   initial    322591
151     0   initial    269145
152     0   initial    387792
153     0   initial    415945
154     0   initial    306800
155     0   initial    353364
156     0   initial    534467
157     0   initial    270101
158     0   initial    351863
159     0   initial    425510
160     0   initial    292973
161     0   initial    246684
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163     0   initial    353529
164     0   initial    219077
165     0   initial    279810
166     0   initial    182521
167     0   initial    518253
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169     0   initial    450523
170     0   initial    307842
171     0   initial    408281
172     0   initial    396095
173     0   initial    477007
174     0   initial    333308
175     0   initial    645607
176     0   initial    375251
177     0   initial    701024
178     0   initial    310919
179     0   initial    279692
180     0   initial    586292
181     0   initial    430289
182     0   initial    293287
183     5      mock    135433
184     5      mock     56490
185     5      mock    123065
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193     5      mock    135433
194     5      mock     56490
195     5      mock    123065
196     5      mock     77480
197     5      mock     97136
198     5      mock    176890
199     5      mock    271947
200     5      mock    179664
201     5      mock    108423
202     5      mock    139480
203     5      mock    112279
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211     5      mock    191925
212     5      mock    163336
213     5      mock    136608
214     5      mock    211481
215     5      mock     90515
216     5      mock     49525
217     5      mock    129059
218     5      mock     99157
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220     5      mock    340020
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222     5      mock    208441
223     5      mock    177775
224     5      mock    362865
225     5      mock    219004
226     5      mock    112342
227     5      mock    163244
228     5      mock    252305
229     5      mock    319302
230     5      mock    277823
231     5      mock    136951
232     5      mock    163792
233     5      mock    122720
234     5      mock    146981
235     5      mock    166926
236     5       est    102429
237     5       est     66175
238     5       est     96669
239     5       est    110835
240     5       est     92265
241     5       est    171048
242     5       est    107251
243     5       est    112221
244     5       est     85029
245     5       est    201402
246     5       est    213835
247     5       est    152560
248     5       est     80485
249     5       est    163799
250     5       est    174133
251     5       est    104184
252     5       est     93889
253     5       est    158110
254     5       est    361916
255     5       est    170798
256     5       est    121874
257     5       est    210085
258     5       est    137819
259     5       est    128034
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261     5       est    213285
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267     5       est    174575
268     5       est     48505
269     5       est     87960
270     5       est    114401
271     5       est     97408
272     5       est    103461
273     5       est    124078
274     5       est     83370
275     5       est     77560
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277     5       est    107413
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279     5       est    161623
280     5       est     83713
281     5       est    139783
282     5       est    163274
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> AR200q$hours <-as.factor(AR200q$hours)
> SPCHn <-ggplot(AR200q, aes(x=hours, y=intensity, color=treatment)) + geom_point(position=position_dodge(width=0.2))
> SPCHnP <-SPCHn + scale_color_manual(values=c("#00ffff", "#00cc00", "#cc66ff")) + theme_linedraw() +stat_summary(fun.y="mean", geom="point", pch="_", size =12)
> ggsave("SPCHnP.eps", height=7, width=7)


# SPCH-GFP fusion protein time course signal dynamics upon iEPF1
> SPCHGFP <-read.csv("SPCHGFP.csv", header=T)
> SPCHGFP
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2      0   initial 218100
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10     0   initial  34269
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22     0   initial 181975
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29     0   initial 244074
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296    20      mock     55674
297    20      mock     32178
298    20      mock     59245
299    20      mock     77908
300    20      mock     91378
301    20      mock     82912
302    20      mock     75883
303    20      mock    107045
304    20      mock     53745
305    20      mock     52773
306    20      mock     71410
307    20      mock     69537
308    20      mock     49149
309    20      mock     62577
310    20      mock     83284
311    20      mock     49768
312    20      mock     82661
313    20      mock     47429
314    20      mock     60174
315    20      mock     77339
316    20      mock    103328
317    20      mock     26825
318    20      mock     60869
319    20      mock     49528
320    20       est     94663
321    20       est     28901
322    20       est     67883
323    20       est    142057
324    20       est     39722
325    20       est     76330
326    20       est     47064
327    20       est     42525
328    20       est     34177
329    20       est     41220
330    20       est     66942
331    20       est     65084
332    20       est     50426
333    20       est     64104
334    20       est     33856
335    20       est     30492
336    20       est     18891
337    20       est    124645
338    20       est     52924
339    20       est     38835
340    20       est     38061
341    20       est    125541
342    20       est     23387
343    20       est     31764
344    20       est     41869
345    20       est     31632
346    24      mock     83904
347    24      mock     67082
348    24      mock     70886
349    24      mock    122185
350    24      mock     56694
351    24      mock     61235
352    24      mock     52690
353    24      mock     62587
354    24      mock     62991
355    24      mock     81349
356    24      mock     41515
357    24      mock     72000
358    24      mock     81638
359    24      mock     51438
360    24      mock     27825
361    24      mock     25191
362    24      mock     33022
363    24      mock     23086
364    24      mock     32851
365    24      mock    126634
366    24      mock     60142
367    24      mock     64393
368    24      mock     40149
369    24      mock     52185
370    24      mock     50844
371    24      mock     53582
372    24      mock     13052
373    24      mock     63858
374    24      mock     64846
375    24      mock     91063
376    24      mock    116092
377    24      mock     94370
378    24      mock     99025
379    24      mock    117369
380    24      mock     50651
381    24      mock     36573
382    24      mock     67181
383    24      mock     36357
384    24      mock     44942
385    24      mock     70860
386    24      mock     85037
387    24      mock     38081
388    24       est     60827
389    24       est     51796
390    24       est     28044
391    24       est     26989
392    24       est     59718
393    24       est     30678
394    24       est     93176
395    24       est     39527
396    24       est     51738
397    24       est     24241
398    24       est     37266
399    24       est     28345
400    24       est     61895
401    24       est     85074
402    24       est     54519
403    24       est     32105
> SPCHGFP$hours <- as.factor(SPCHGFP$hours)
> SPCHGRPgr <- ggplot(SPCHGFP, aes(x=hours, y=intensity, color=treatment)) + geom_point(position=position_dodge(width=0.2))
> SPCHGFPgr <- ggplot(SPCHGFP, aes(x=hours, y=intensity, color=treatment)) + geom_point(position=position_dodge(width=0.2))
> SPCHGFPgr
> SPCHGFPgrc <-SPCHGFPgr +scale_color_manual(values=c("#ff66ff", "#9966ff", "#00ccff")) + theme_linedraw()
> SPCHGFPgrc
> SPCHGFPgrcl <-SPCHGFPgrc +stat_summary(fun.y="mean", geom="point", pch="_", size=12)
> SPCHGFPgrcl
> ggsave("SPCHG.eps", height=7, width=7)


#Qi et al., raw data and R scripts for graphs and statistical analysis
#Figure 5C

#Load ggplot2 and R Color Brewer packages.
> library(ggplot2)
> library("RColorBrewer")
> display.brewer.all()

> BK5 <-read.csv("BK5_SI_REV.csv", header=T)
> BK5
          Genotype        SI
1       BK5 triple  2.439024
2       BK5 triple  1.550388
3       BK5 triple  0.000000
4       BK5 triple  6.034483
5       BK5 triple  4.109589
6       BK5 triple  3.125000
7  BK5 tripl epf-d 12.280702
8  BK5 tripl epf-d 12.056738
9  BK5 tripl epf-d 10.181818
10 BK5 tripl epf-d 21.052632
11 BK5 tripl epf-d  4.320988
12 BK5 tripl epf-d 26.153846
13 BK5 tripl epf-d 29.184549
14 BK5 tripl epf-d 50.403226
15 BK5 tripl epf-d 54.964539
16   BK5 tripl tmm 45.312500
17   BK5 tripl tmm 43.000000
18   BK5 tripl tmm 39.325843
19   BK5 tripl tmm 49.808429
20   BK5 tripl tmm 50.485437
21   BK5 tripl tmm 52.380952
22          triple 38.709677
23          triple 36.111111
24          triple 46.666667
25          triple 48.780488
26          triple 38.983051
27          triple 46.511628
28          triple 48.387097
29     tripl epf-d 50.000000
30     tripl epf-d 48.000000
31     tripl epf-d 45.283019
32     tripl epf-d 41.935484
33     tripl epf-d 54.347826
34       tripl tmm 45.714286
35       tripl tmm 58.333333
36       tripl tmm 41.666667
37       tripl tmm 53.658537
38              wt 20.000000
39              wt 15.384615
40              wt 25.000000
41              wt 17.391304
42              wt 19.047619
43              wt 22.222222

# You must "attach" data in order to do statistical analysis later.
> attach(BK5)

> summary(BK5)
            Genotype       SI       
 BK5 tripl epf-d:9   Min.   : 0.00  
 BK5 tripl tmm  :6   1st Qu.:16.39  
 BK5 triple     :6   Median :38.98  
 tripl epf-d    :5   Mean   :32.10  
 tripl tmm      :4   3rd Qu.:48.19  
 triple         :7   Max.   :58.33  
 wt             :6                  
> BK5ana <-data.frame(Genotype, SI)
> BK5ana
          Genotype        SI
1       BK5 triple  2.439024
2       BK5 triple  1.550388
3       BK5 triple  0.000000
4       BK5 triple  6.034483
5       BK5 triple  4.109589
6       BK5 triple  3.125000
7  BK5 tripl epf-d 12.280702
8  BK5 tripl epf-d 12.056738
9  BK5 tripl epf-d 10.181818
10 BK5 tripl epf-d 21.052632
11 BK5 tripl epf-d  4.320988
12 BK5 tripl epf-d 26.153846
13 BK5 tripl epf-d 29.184549
14 BK5 tripl epf-d 50.403226
15 BK5 tripl epf-d 54.964539
16   BK5 tripl tmm 45.312500
17   BK5 tripl tmm 43.000000
18   BK5 tripl tmm 39.325843
19   BK5 tripl tmm 49.808429
20   BK5 tripl tmm 50.485437
21   BK5 tripl tmm 52.380952
22          triple 38.709677
23          triple 36.111111
24          triple 46.666667
25          triple 48.780488
26          triple 38.983051
27          triple 46.511628
28          triple 48.387097
29     tripl epf-d 50.000000
30     tripl epf-d 48.000000
31     tripl epf-d 45.283019
32     tripl epf-d 41.935484
33     tripl epf-d 54.347826
34       tripl tmm 45.714286
35       tripl tmm 58.333333
36       tripl tmm 41.666667
37       tripl tmm 53.658537
38              wt 20.000000
39              wt 15.384615
40              wt 25.000000
41              wt 17.391304
42              wt 19.047619
43              wt 22.222222

# Specify linear model for BK5
> LMBK5ana <-lm(SI~Genotype)
> summary(LMBK5ana)

Call:
lm(formula = SI ~ Genotype)

Residuals:
     Min       1Q   Median       3Q      Max 
-20.1900  -4.2926   0.0867   3.4916  30.4535 

Coefficients:
                      Estimate Std. Error t value
(Intercept)             24.511      3.136   7.816
GenotypeBK5 tripl tmm   22.208      4.959   4.479
GenotypeBK5 triple     -21.635      4.959  -4.363
Genotypetripl epf-d     23.402      5.248   4.460
Genotypetripl tmm       25.332      5.654   4.481
Genotypetriple          18.939      4.741   3.994
Genotypewt              -4.670      4.959  -0.942
                      Pr(>|t|)    
(Intercept)           2.88e-09 ***
GenotypeBK5 tripl tmm 7.30e-05 ***
GenotypeBK5 triple    0.000103 ***
Genotypetripl epf-d   7.73e-05 ***
Genotypetripl tmm     7.26e-05 ***
Genotypetriple        0.000306 ***
Genotypewt            0.352569    
---
Signif. codes:  
0 *** 0.001 ** 0.01 * 0.05 . 0.1   1

Residual standard error: 9.408 on 36 degrees of freedom
Multiple R-squared:  0.7791,	Adjusted R-squared:  0.7423 
F-statistic: 21.16 on 6 and 36 DF,  p-value: 1.866e-10

> aov(LMBK5ana)
Call:
   aov(formula = LMBK5ana)

Terms:
                 Genotype Residuals
Sum of Squares  11237.748  3186.567
Deg. of Freedom         6        36

Residual standard error: 9.408281
Estimated effects may be unbalanced
> TBK5 <- aov(LMBK5ana)
> TukeyHSD(TBK5)
  Tukey multiple comparisons of means
    95% family-wise confidence level

Fit: aov(formula = LMBK5ana)

$Genotype
                                    diff
BK5 tripl tmm-BK5 tripl epf-d  22.207856
BK5 triple-BK5 tripl epf-d    -21.634590
tripl epf-d-BK5 tripl epf-d    23.402262
tripl tmm-BK5 tripl epf-d      25.332201
triple-BK5 tripl epf-d         18.938956
wt-BK5 tripl epf-d             -4.670044
BK5 triple-BK5 tripl tmm      -43.842446
tripl epf-d-BK5 tripl tmm       1.194406
tripl tmm-BK5 tripl tmm         3.124345
triple-BK5 tripl tmm           -3.268900
wt-BK5 tripl tmm              -26.877900
tripl epf-d-BK5 triple         45.036852
tripl tmm-BK5 triple           46.966792
triple-BK5 triple              40.573546
wt-BK5 triple                  16.964546
tripl tmm-tripl epf-d           1.929940
triple-tripl epf-d             -4.463306
wt-tripl epf-d                -28.072306
triple-tripl tmm               -6.393246
wt-tripl tmm                  -30.002245
wt-triple                     -23.609000
                                       lwr
BK5 tripl tmm-BK5 tripl epf-d   6.73281945
BK5 triple-BK5 tripl epf-d    -37.10962676
tripl epf-d-BK5 tripl epf-d     7.02502229
tripl tmm-BK5 tripl epf-d       7.68794501
triple-BK5 tripl epf-d          4.14199048
wt-BK5 tripl epf-d            -20.14508056
BK5 triple-BK5 tripl tmm      -60.79449947
tripl epf-d-BK5 tripl tmm     -16.58505787
tripl tmm-BK5 tripl tmm       -15.82862633
triple-BK5 tripl tmm          -19.60430765
wt-BK5 tripl tmm              -43.82995327
tripl epf-d-BK5 triple         27.25738835
tripl tmm-BK5 triple           28.01381989
triple-BK5 triple              24.23813856
wt-BK5 triple                   0.01249294
tripl tmm-tripl epf-d         -17.76656618
triple-tripl epf-d            -21.65582590
wt-tripl epf-d                -45.85176905
triple-tripl tmm              -24.79673887
wt-tripl tmm                  -48.95521713
wt-triple                     -39.94440688
                                     upr     p adj
BK5 tripl tmm-BK5 tripl epf-d  37.682893 0.0013096
BK5 triple-BK5 tripl epf-d     -6.159554 0.0018296
tripl epf-d-BK5 tripl epf-d    39.779501 0.0013843
tripl tmm-BK5 tripl epf-d      42.976458 0.0013020
triple-BK5 tripl epf-d         33.735921 0.0051921
wt-BK5 tripl epf-d             10.804993 0.9628852
BK5 triple-BK5 tripl tmm      -26.890393 0.0000000
tripl epf-d-BK5 tripl tmm      18.973869 0.9999918
tripl tmm-BK5 tripl tmm        22.077317 0.9984739
triple-BK5 tripl tmm           13.066507 0.9955391
wt-BK5 tripl tmm               -9.925847 0.0003280
tripl epf-d-BK5 triple         62.816315 0.0000000
tripl tmm-BK5 triple           65.919763 0.0000001
triple-BK5 triple              56.908953 0.0000001
wt-BK5 triple                  33.916599 0.0497284
tripl tmm-tripl epf-d          21.626446 0.9999237
triple-tripl epf-d             12.729214 0.9823791
wt-tripl epf-d                -10.292842 0.0003489
triple-tripl tmm               12.010247 0.9287382
wt-tripl tmm                  -11.049274 0.0003359
wt-triple                      -7.273592 0.0011939





# Qi et al., raw data and R scripts for graphs and statistics analysis
#Image analysis of nuclear MUTE-tagRFP signal accumulation 
# Figure 6A, B
# Data generated and analyzed by Xingyun Qi 
# R analysis by Keiko Torii


#For Figure 6A
#Re-sorted the order of intensity and genotype; tentatively name RFP2 

> RFP2 <- read.csv("MUTE-RFP.csv", header=T)
> RFP2
    intensity genotype
1       48063       WT
2       38149       WT
3       63660       WT
4       18016       WT
5      125105       WT
6       51354       WT
7       63514       WT
8       90057       WT
9       58242       WT
10     110577       WT
11      26456       WT
12      83298       WT
13      37545       WT
14     153887       WT
15      39446       WT
16      35562       WT
17      47356       WT
18      37929       WT
19      31898       WT
20      22189       WT
21      25133       WT
22      29198       WT
23      32050       WT
24      23763       WT
25      25497       WT
26      25713       WT
27      15298       WT
28      24818       WT
29      24804       WT
30      24084       WT
31      25179       WT
32      29293       WT
33      19974       WT
34      20117       WT
35      29499       WT
36      14982       WT
37      41847       WT
38      50902       WT
39      36332       WT
40      32724       WT
41      32655       WT
42      22027       WT
43       9741       WT
44      38373       WT
45      10289       WT
46      18415       WT
47      28914       WT
48      18337       WT
49      19275       WT
50       8937       WT
51      21432       WT
52      18952       WT
53      21084       WT
54      14175       WT
55      15555       WT
56      24976       WT
57      15530       WT
58      20885       WT
59      16325       WT
60      10239       WT
61      28548       WT
62      11567       WT
63      12538       WT
64      15211       WT
65      29702       WT
66      50778      tmm
67      51158      tmm
68      27822      tmm
69      21012      tmm
70      24418      tmm
71      44056      tmm
72      40963      tmm
73      15488      tmm
74      41332      tmm
75      26986      tmm
76      63009      tmm
77      67948      tmm
78      33695      tmm
79      20699      tmm
80     116640      tmm
81     287021      tmm
82      61869      tmm
83     214211      tmm
84      92068      tmm
85      52894      tmm
86      45186      tmm
87     113588      tmm
88     157611      tmm
89     228684      tmm
90      34817      tmm
91     120581      tmm
92      58939      tmm
93      39844      tmm
94     148729      tmm
95      27380      tmm
96      64616      tmm
97      51786      tmm
98      52666      tmm
99      54187      tmm
100     63128      tmm
101    185929      tmm
102    181388      tmm
103    260792      tmm
104    183921      tmm
105    135693      tmm
106    101104      tmm
107     61183      tmm
108     51075      tmm
109    104140      tmm
110     21122      tmm
111     34399      tmm
112    149314      tmm
113     58966      tmm
114     90152      tmm
115     74974      tmm
116     55908      tmm
117     70347      tmm
118     14493      tmm
119     80631      tmm
120    102821      tmm
121     88228      tmm
122    104855      tmm
123    114511      tmm
124    129371      tmm
125    203721      tmm
126     87154      tmm
127     79878      tmm
128     74940      tmm


#Make a box and dot plot with box order assigned for the manuscript 

> RFP2$genotype <-factor(RFP2$genotype, levels=c("WT", "tmm"), ordered=TRUE)

#specify binwidth for publication purpose
> RFPplot<-ggplot(RFP2, aes(x=genotype, y=intensity)) +geom_boxplot(aes(fill=genotype)) +geom_dotplot(aes(fill=genotype), binaxis='y', stackdir='center', binwidth=200, dotsize=20) +scale_fill_brewer(palette="RdPu")
> RFPplot
> RFPplot + theme_linedraw()

#Save as eps file to make figure composites
> ggsave("MUTE-RFPboxLine.eps", height =7, width=4)


#Statististical analysis
> RFPstat <-read.csv("MUTE-Rstats.csv", header=T)
> RFPstat
       WT  tmmKO
1   48063  50778
2   38149  51158
3   63660  27822
4   18016  21012
5  125105  24418
6   51354  44056
7   63514  40963
8   90057  15488
9   58242  41332
10 110577  26986
11  26456  63009
12  83298  67948
13  37545  33695
14 153887  20699
15  39446 116640
16  35562 287021
17  47356  61869
18  37929 214211
19  31898  92068
20  22189  52894
21  25133  45186
22  29198 113588
23  32050 157611
24  23763 228684
25  25497  34817
26  25713 120581
27  15298  58939
28  24818  39844
29  24804 148729
30  24084  27380
31  25179  64616
32  29293  51786
33  19974  52666
34  20117  54187
35  29499  63128
36  14982 185929
37  41847 181388
38  50902 260792
39  36332 183921
40  32724 135693
41  32655 101104
42  22027  61183
43   9741  51075
44  38373 104140
45  10289  21122
46  18415  34399
47  28914 149314
48  18337  58966
49  19275  90152
50   8937  74974
51  21432  55908
52  18952  70347
53  21084  14493
54  14175  80631
55  15555 102821
56  24976  88228
57  15530 104855
58  20885 114511
59  16325 129371
60  10239 203721
61  28548  87154
62  11567  79878
63  12538  74940
64  15211     NA
65  29702     NA

> summary(RFPstat)
       WT             tmmKO       
 Min.   :  8937   Min.   : 14493  
 1st Qu.: 18952   1st Qu.: 44621  
 Median : 25497   Median : 64616  
 Mean   : 34111   Mean   : 87569  
 3rd Qu.: 37929   3rd Qu.:114050  
 Max.   :153887   Max.   :287021  
                  NA's   :2       

> t.test(RFPstat$WT, RFPstat$tmm, paired=F)

	Welch Two Sample t-test

data:  RFPstat$WT and RFPstat$tmm
t = -6.2603, df = 83.897, p-value =
1.563e-08
alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0
95 percent confidence interval:
 -70439.34 -36476.48
sample estimates:
mean of x mean of y 
 34110.65  87568.56 


#For Figure 5B

#Generating boxplots combined with dot plots using RColorBrewer
> SCDgra <-ggplot(SCD, aes(x=genotype, y=hour)) + geom_boxplot(aes(fill=genotype))+geom_dotplot(aes(fill=genotype), binaxis='y', stackdir = 'center', binwidth=0.8, dotsize=0.4) +scale_fill_brewer(palette="BuGn")
> SCDgra
> SCDgra +theme_bw()
> ggsave("SCDhour_bw.eps", height =7, width=4)

#Statistical Analysis for Figure 6B
> SCDstats <-read.csv("SCDtime_stats.csv", header=T)

#Display all raw data
> SCDstats
     WT  tmm
1  25.0  6.5
2  28.5  7.0
3  19.0 21.5
4  13.5 23.0
5  14.5 22.0
6  20.5 15.5
7  25.0 20.5
8  22.0 17.5
9  18.5 15.0
10 20.5 11.5
11 20.5 17.5
12 26.0  7.0
13 20.0 10.5
14 13.5 17.5
15 18.0 16.0
16 14.0 11.5
17 11.0 13.0
18 11.0 13.0
19   NA 17.0
20   NA 15.0
21   NA 11.5
22   NA 11.0
23   NA 10.5
24   NA 13.0
25   NA 13.5
26   NA  9.5
27   NA 12.0
28   NA 13.0
29   NA   NA

#Summary Statistics
> summary(SCDstats)
       WT             tmm       
 Min.   :11.00   Min.   : 6.50  
 1st Qu.:14.12   1st Qu.:11.38  
 Median :19.50   Median :13.00  
 Mean   :18.94   Mean   :14.00  
 3rd Qu.:21.62   3rd Qu.:17.12  
 Max.   :28.50   Max.   :23.00  
 NA's   :11      NA's   :1      

#T-test
> t.test(SCDstats$WT, SCDstats$tmm, paired=F)

	Welch Two Sample t-test

data:  SCDstats$WT and SCDstats$tmm
t = 3.3205, df = 32.13, p-value = 0.002246
alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0
95 percent confidence interval:
 1.911838 7.977051
sample estimates:
mean of x mean of y 
 18.94444  14.00000 

>

