"Minor allele frequency" "QTL, effect < 1%" "QTL, effect > 2%" "QTL, 1% < effect < 2%" "QTL, effect > 1%" synonymous nonsynonymous intergenic all SNPs 0.05 0.293300654 0.535714286 0.372727273 0.427710843 0.163471436 0.296836724 0.196808511 0.207541878 0.15 0.167892157 0.089285714 0.090909091 0.090361446 0.134585692 0.138566407 0.141167413 0.13793631 0.25 0.12745098 0.178571429 0.172727273 0.174698795 0.157038085 0.112152519 0.138927772 0.139695571 0.35 0.151960784 0.053571429 0.118181818 0.096385542 0.244145651 0.144424326 0.216195409 0.210091533 0.45 0.191993464 0.089285714 0.172727273 0.144578313 0.236168296 0.219618703 0.234182531 0.231483134 0.5 0.067401961 0.053571429 0.072727273 0.06626506 0.064590839 0.088401321 0.072718365 0.073251574