S1 File: Distributions of occurrence records along with environmental variables

rm(list = ls())

pacman::p_load(
  tidyverse, data.table, 
  gridExtra, patchwork, cowplot, grid, ggbreak,
  conflicted,
  knitr, kableExtra, pander  # nice tables
  )

opts_chunk$set(
  prompt=TRUE, message=FALSE, comment="", warning = FALSE
  ) 

options(
  knitr.kable.NA = '',
  scipen=100           # do not show numbers using exponential
  )

conflicted::conflict_prefer_all(winner = 'dplyr', quiet = TRUE)

changeVarNames = function(varnames) {
  varnames_out = varnames %>% 
    str_replace_all(., "^x$", "longitude") %>% 
    str_replace_all(., "^y$", "latitude") %>% 
    str_replace_all(., "city", "urban") %>% 
    str_replace_all(., "plantation", "planted forest") %>% 
    str_replace_all(., "cliamte", "bioclim 15") %>% 
    str_replace_all(., "rice", "rice fild") %>% 
    str_replace_all(., "grass", "seminatural") %>%
    str_replace_all(., "hokkaido", "Hokkaido") %>% 
    str_replace_all(., '_', ' ')
}

> ## Load occurrence count data 
> df = fread('data/product/dataDistribution.csv', encoding = 'UTF-8') %>% 
+   select(-mesh_code_3rd)
> 
> ## Select columns with environmental variables
> cols = colnames(df) %>% str_subset('postCount', negate=T)
> 
> ## Draw occurrence records' histograms for each environmental variable 
> for(coln in 1:length(cols)) {
+   ## Select 1 environmental variable and post count data 
+   cols_need = c(cols[coln], 'postCount_biome', 'postCount_expert')
+   df_counts = df %>% 
+     select(one_of(cols_need))
+   colnames(df_counts) = c('envVar', 'postCount_biome', 'postCount_expert')
+   
+   ## Prepare histogram
+   df_counts = df_counts %>% 
+     ## Based on env condition, split dataset into detemined n of bins
+     mutate(
+       cut = cut_interval(envVar, n = 20) %>% 
+         as.character()
+     ) %>% 
+     group_by(cut) %>% 
+     summarise(across(starts_with('postCount_'), sum), .groups = 'drop') %>% 
+     mutate(
+       bin_start = cut %>% 
+         str_remove_all(., '\\[|\\]|\\(|,.*') %>% 
+         as.numeric(),
+       bin_end = cut %>% 
+         str_remove_all(., '\\[|\\]|\\)|.*,') %>% 
+         as.numeric(),
+       bin_mean = round((bin_start + bin_end)/2, 2)
+     )
+   
+   binwidth = (df_counts$bin_end[1] - df_counts$bin_start[1])*0.5
+   
+   ## Visualize histogram
+   p = df_counts %>% 
+     ggplot() +
+     geom_bar(
+       aes(x = bin_mean, y = postCount_biome), 
+       stat = 'identity', fill = '#006837', alpha = 0.3, width = binwidth*1.2
+     ) +
+     geom_bar(
+       aes(x = bin_mean, y = postCount_expert), 
+       stat = 'identity', fill = 'grey30', alpha = 0.3, width = binwidth #coral
+     ) +
+     labs(x = NULL, y = NULL, fill = 'legend') +
+     ggtitle(changeVarNames(cols[coln]))
+   
+   assign(str_c('p', coln), p)
+ }
> 
> ## Prepare shared x&y labels
> xlab = 'Standardised value'
> ylab = 'Occurrence records'

Distributions of occurrence records of Biome (green colour) and Traditional survey data ( grey colour) along with environmental variables are shown.

Data distibution against principal components of all variables used

> p_allPC = (
+   (p55+p56+p57+p58+p59+p60+p61+p62+p63+p64+p65+
+      plot_layout(guides = "collect", ncol = 3)
+    )
+   & labs(x = NULL, y = NULL)
+   & theme(
+     plot.title = element_text(hjust = 1, vjust = -8, size = 15),
+     axis.text  = element_text(size = 11)
+     )
+   )
> grid.arrange(
+   patchworkGrob(p_allPC), 
+   left = ylab, 
+   bottom = str_c(xlab, "\nFigure S1-1: Occurrence records distributions against PCs of all environmental variables. The PCs explaining >2% of total variance are shown"),
+   top = NULL
+   )

> fread('data/product/dataQuality/envVars_PCimportance.csv', encoding = 'UTF-8') %>% 
+   kable("html", digits = 1, caption = "S1-1 Table. cumulative importance of PCs") %>%
+   kable_styling("striped", position = "left") %>% 
+   scroll_box(height = "400px")

S1-1 Table. cumulative importance of PCs

name	cumulative imoprtance (%)	proportion of variance (%)
PC1	6.1	6.1
PC2	11.0	4.9
PC3	14.0	3.0
PC4	16.7	2.7
PC5	19.3	2.6
PC6	21.7	2.3
PC7	24.0	2.3
PC8	26.2	2.2
PC9	28.3	2.1
PC10	30.3	2.1
PC11	32.4	2.0
PC12	34.4	2.0
PC13	36.3	2.0
PC14	38.3	2.0
PC15	40.3	2.0
PC16	42.2	1.9
PC17	44.1	1.9
PC18	46.1	1.9
PC19	48.0	1.9
PC20	49.9	1.9
PC21	51.9	1.9
PC22	53.8	1.9
PC23	55.7	1.9
PC24	57.7	1.9
PC25	59.6	1.9
PC26	61.5	1.9
PC27	63.5	1.9
PC28	65.4	1.9
PC29	67.3	1.9
PC30	69.2	1.9
PC31	71.2	1.9
PC32	73.1	1.9
PC33	75.0	1.9
PC34	76.9	1.9
PC35	78.9	1.9
PC36	80.8	1.9
PC37	82.7	1.9
PC38	84.6	1.9
PC39	86.4	1.8
PC40	88.2	1.8
PC41	89.9	1.7
PC42	91.4	1.5
PC43	92.9	1.5
PC44	94.3	1.4
PC45	95.6	1.3
PC46	96.6	1.0
PC47	97.5	0.9
PC48	98.3	0.8
PC49	99.0	0.7
PC50	99.4	0.4
PC51	99.8	0.4
PC52	100.0	0.2

> fread('data/product/dataQuality/envVars_PCrotation.csv', encoding = 'UTF-8') %>% 
+   mutate_at('Environmental variables', changeVarNames) %>% 
+   kable("html", digits = 2, caption = "S1-2 Table. variable contributions to PCs") %>%
+   kable_styling("striped", position = "left") %>% 
+   scroll_box(height = "400px")

S1-2 Table. variable contributions to PCs

Environmental variables	PC1	PC2	PC3	PC4	PC5	PC6	PC7	PC8	PC9	PC10	PC11	PC12	PC13	PC14	PC15	PC16	PC17	PC18	PC19	PC20	PC21	PC22	PC23	PC24	PC25	PC26	PC27	PC28	PC29	PC30	PC31	PC32	PC33	PC34	PC35	PC36	PC37	PC38	PC39	PC40	PC41	PC42	PC43	PC44	PC45	PC46	PC47	PC48	PC49	PC50	PC51	PC52
PC1 land use	0.45	-0.07	0.02	-0.02	0.17	-0.02	0.10	-0.01	0.12	-0.10	0.04	-0.12	-0.04	-0.03	0.04	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	-0.02	-0.01	0.01	-0.15	0.08	-0.17	0.09	-0.03	0.19	-0.04	0.22	-0.55	0.29	-0.39	0.13
PC2 land use	-0.01	-0.05	-0.34	0.17	0.23	0.06	0.23	0.39	0.25	-0.07	-0.13	0.10	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	-0.01	0.00	0.01	0.00	-0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	-0.01	0.01	0.02	0.01	-0.03	0.00	0.02	0.04	-0.01	-0.03	-0.05	-0.15	-0.05	-0.45	-0.44	0.06	-0.18	0.06	0.11	0.12	-0.04	0.04	-0.08
PC3 land use	-0.06	-0.23	0.03	0.34	0.12	-0.30	0.14	-0.02	-0.24	-0.29	0.09	0.00	-0.02	0.03	-0.06	-0.03	-0.01	0.00	0.00	0.00	-0.01	0.00	0.00	0.00	-0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	-0.01	-0.01	-0.47	0.15	-0.12	-0.01	0.19	-0.04	0.19	0.01	0.33	0.29	0.11	-0.05	-0.03
PC4 land use	0.05	-0.08	-0.13	0.22	-0.22	0.08	-0.23	0.15	-0.29	0.25	-0.42	-0.30	-0.06	-0.09	-0.03	0.04	-0.01	-0.02	-0.01	-0.02	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	-0.02	-0.01	-0.01	-0.01	0.01	-0.01	-0.06	-0.01	-0.07	-0.05	-0.06	-0.24	0.07	-0.01	0.10	-0.33	0.00	0.09	0.06	0.00	-0.07	-0.02	0.38	0.07	0.03	-0.01	0.02
PC5 land use	0.00	0.03	0.11	-0.33	0.28	-0.16	0.12	0.24	-0.47	0.08	-0.32	-0.11	-0.02	-0.04	-0.06	0.02	-0.02	-0.02	-0.02	-0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	-0.02	-0.01	-0.01	-0.01	0.01	-0.01	-0.05	-0.01	-0.08	-0.05	-0.04	-0.19	0.03	0.00	-0.26	0.06	-0.07	-0.15	-0.05	0.01	0.06	0.02	-0.42	-0.13	0.01	-0.04	-0.01
PC6 land use	0.01	0.07	-0.09	0.03	-0.10	0.15	0.55	-0.24	-0.24	0.24	-0.04	0.01	0.01	-0.03	0.02	0.02	-0.01	-0.01	-0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	-0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	-0.03	-0.01	-0.03	-0.02	-0.02	-0.08	0.00	-0.01	0.19	0.39	0.34	-0.31	0.15	-0.01	-0.05	0.00	0.20	0.01	-0.07	0.04	0.01
PC1 climate	0.01	-0.55	0.05	-0.11	-0.04	0.05	0.00	-0.14	0.02	-0.10	-0.12	0.04	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	-0.01	-0.03	0.00	0.03	0.01	0.00	0.05	-0.17	-0.30	0.03	-0.26	-0.10	0.17	-0.63
PC2 climate	0.34	-0.07	-0.34	-0.12	-0.21	-0.07	-0.06	0.11	-0.12	0.01	0.11	0.06	0.06	-0.01	0.04	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.07	0.12	-0.08	0.07	-0.11	-0.05	0.46	0.50	0.03	-0.04	-0.22	0.12	-0.26
PC3 climate	0.26	-0.01	0.46	0.31	0.11	0.03	-0.05	0.05	-0.06	0.03	0.00	0.09	0.04	-0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	-0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	-0.02	0.00	-0.02	0.07	0.00	0.03	0.04	0.02	-0.50	0.55	-0.02	-0.10	-0.13	-0.04	-0.10
elevation diff	0.51	0.01	-0.02	0.03	0.03	0.01	0.00	-0.05	0.04	0.01	-0.04	0.02	-0.03	0.03	-0.06	-0.02	0.00	0.01	0.00	0.00	-0.01	0.00	0.01	0.00	-0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	-0.01	-0.07	-0.07	0.05	-0.05	0.12	-0.01	-0.05	-0.09	-0.14	0.15	0.38	0.69	0.13
slope max	0.47	0.01	0.00	0.01	0.04	0.02	-0.01	-0.05	0.08	0.01	-0.02	-0.05	-0.05	0.01	-0.04	-0.01	-0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	-0.01	-0.01	0.00	0.00	-0.01	0.00	0.00	-0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	-0.01	-0.01	-0.05	-0.16	0.12	-0.10	0.20	-0.03	0.01	-0.27	-0.21	0.44	-0.48	-0.33	-0.07
PC1 vegetation	0.10	-0.25	-0.28	0.10	-0.22	0.11	0.15	-0.14	0.01	0.21	-0.03	0.08	-0.11	0.15	-0.16	-0.09	-0.02	0.11	0.05	-0.01	-0.04	0.04	-0.03	-0.02	-0.03	-0.01	-0.12	0.03	0.04	-0.26	0.22	-0.23	-0.07	-0.03	0.02	-0.02	0.02	-0.02	0.08	-0.17	0.12	-0.18	0.21	-0.13	0.04	-0.18	0.05	-0.26	0.01	0.23	-0.29	0.11
PC2 vegetation	0.08	-0.26	-0.20	-0.23	-0.14	-0.07	-0.19	0.11	-0.16	-0.14	0.04	0.17	0.08	-0.03	0.03	-0.04	0.01	-0.09	0.01	0.03	0.01	-0.03	0.03	-0.07	0.09	-0.02	-0.03	0.08	-0.01	0.33	-0.33	0.22	0.09	-0.01	0.06	-0.02	0.01	0.07	-0.16	0.12	0.19	0.13	-0.03	0.01	0.06	-0.30	0.03	-0.03	0.18	0.25	-0.23	0.15
PC3 vegetation	0.24	0.18	0.05	0.00	-0.13	-0.02	0.03	0.02	-0.22	-0.35	-0.11	0.01	0.31	-0.10	0.06	0.02	-0.04	-0.07	0.09	0.16	-0.06	-0.08	-0.02	-0.04	-0.06	0.02	-0.13	0.08	0.02	-0.12	0.20	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	-0.08	0.06	0.04	0.19	-0.11	0.18	-0.33	0.20	-0.11	-0.29	0.17	-0.09	-0.19	0.05	0.20
PC4 vegetation	0.05	0.31	-0.31	-0.10	-0.03	-0.10	0.00	0.02	-0.02	0.18	0.19	0.11	-0.02	-0.03	-0.12	-0.04	0.14	-0.10	-0.13	-0.17	-0.13	0.03	0.00	-0.03	0.06	0.02	-0.10	-0.02	-0.02	0.04	-0.20	-0.01	-0.01	0.00	0.09	0.02	0.02	0.06	-0.02	-0.35	-0.02	-0.22	0.05	0.20	-0.11	-0.32	-0.13	0.18	-0.30	-0.24	0.08	0.00
PC5 vegetation	-0.09	0.02	-0.23	0.34	0.03	-0.14	-0.12	0.00	-0.08	-0.14	-0.08	-0.12	0.02	0.08	-0.13	-0.01	0.20	-0.01	0.20	0.32	-0.29	-0.18	0.16	-0.02	-0.14	0.13	-0.02	-0.06	-0.01	0.04	-0.04	0.01	-0.06	0.12	0.05	-0.03	0.06	-0.06	0.13	0.26	0.06	-0.06	-0.17	0.21	-0.22	-0.04	-0.03	-0.28	-0.17	-0.03	0.02	-0.03
PC6 vegetation	0.13	0.00	0.09	0.10	0.29	-0.04	0.05	0.22	0.06	0.37	-0.04	0.10	-0.03	0.04	-0.09	-0.02	-0.07	0.23	0.03	0.08	0.00	0.12	-0.04	0.07	-0.07	0.07	-0.04	-0.03	-0.07	0.37	-0.06	0.05	-0.18	0.01	-0.01	0.05	0.08	-0.01	0.03	0.22	0.30	-0.23	0.27	-0.08	-0.05	0.10	-0.24	0.13	0.04	0.04	-0.04	-0.09
PC7 vegetation	-0.02	0.02	0.06	0.46	-0.23	0.09	-0.02	0.27	-0.04	0.09	0.02	0.14	0.09	0.03	-0.03	-0.03	0.08	-0.17	-0.13	-0.22	0.13	0.05	0.12	-0.12	0.09	-0.31	-0.05	0.08	-0.07	0.03	0.00	0.21	-0.05	0.06	0.07	0.04	0.00	-0.01	-0.09	-0.09	0.08	0.18	0.00	0.00	0.13	0.22	-0.19	-0.28	-0.20	0.00	-0.01	-0.02
PC8 vegetation	0.00	0.06	0.03	0.01	-0.11	0.10	0.08	-0.42	0.15	-0.18	-0.45	0.09	-0.04	0.13	-0.15	-0.01	-0.08	0.11	-0.08	-0.04	-0.03	0.01	0.07	-0.05	-0.13	-0.21	-0.06	0.02	-0.09	0.41	-0.18	0.14	-0.04	0.03	-0.07	-0.09	-0.01	-0.01	0.07	-0.15	-0.07	-0.16	-0.04	-0.10	0.01	0.11	0.15	-0.01	-0.07	-0.12	0.00	0.13
PC9 vegetation	-0.06	-0.05	-0.12	0.02	0.07	0.09	0.22	0.05	0.23	-0.07	-0.08	-0.21	0.50	-0.39	-0.21	0.05	-0.12	0.04	-0.01	0.00	-0.03	0.02	0.00	-0.02	-0.01	-0.02	-0.03	0.01	-0.02	0.02	-0.02	-0.07	-0.03	-0.04	-0.04	0.02	-0.06	-0.12	-0.42	-0.02	-0.02	-0.01	0.23	0.19	-0.13	-0.01	0.11	-0.12	0.02	0.03	0.00	-0.02
PC10 vegetation	0.03	-0.08	0.13	-0.05	0.05	-0.08	-0.10	-0.16	0.04	0.18	0.14	0.01	0.30	-0.10	-0.58	0.17	0.25	-0.29	-0.11	-0.04	0.10	-0.04	0.07	0.04	0.05	-0.01	0.03	-0.03	0.02	0.01	0.00	-0.04	0.05	-0.03	-0.01	-0.09	-0.09	0.00	0.31	0.09	-0.01	-0.09	-0.17	-0.17	0.07	0.05	-0.01	0.07	0.10	0.08	-0.05	-0.03
PC11 vegetation	-0.06	0.04	0.01	-0.15	-0.07	0.16	0.10	0.18	-0.09	0.05	-0.04	0.23	0.18	0.14	-0.28	-0.03	-0.04	0.16	0.46	0.26	0.10	0.04	-0.04	0.13	0.12	0.02	0.07	0.05	-0.02	0.00	0.01	0.18	-0.01	0.10	0.10	0.14	0.11	-0.05	0.20	-0.21	-0.26	0.25	0.09	0.14	0.02	0.01	0.06	0.09	-0.05	-0.01	0.00	-0.01
PC12 vegetation	-0.05	-0.02	0.07	-0.18	0.10	0.05	-0.03	0.13	-0.01	-0.08	0.00	0.12	-0.07	0.10	-0.22	-0.13	-0.04	-0.05	-0.14	-0.15	-0.20	-0.06	0.10	-0.20	-0.32	0.06	-0.56	0.06	-0.08	-0.12	0.20	0.15	-0.21	-0.15	0.04	0.00	0.01	0.06	-0.02	0.11	-0.07	0.21	0.03	0.09	-0.05	0.04	0.09	0.14	0.06	0.02	0.01	-0.04
PC13 vegetation	0.02	0.04	0.04	-0.07	0.04	0.03	-0.15	-0.01	0.14	0.06	-0.27	0.13	-0.08	0.07	-0.06	-0.06	0.04	-0.07	-0.04	0.12	0.30	-0.34	0.43	-0.06	0.27	0.22	0.11	0.19	0.10	-0.18	-0.01	-0.08	-0.22	-0.05	-0.03	-0.02	0.12	0.00	-0.25	-0.08	0.20	-0.03	-0.02	0.05	-0.05	0.06	0.01	0.12	-0.01	-0.04	0.00	0.03
PC14 vegetation	0.03	0.01	0.00	-0.01	0.12	0.13	0.24	0.13	-0.11	-0.26	-0.04	0.07	-0.16	0.26	-0.26	-0.13	0.06	-0.13	-0.15	-0.24	-0.21	-0.05	0.12	0.14	0.17	0.04	0.31	-0.07	0.10	0.07	0.05	-0.12	0.24	0.10	0.09	-0.12	-0.05	0.02	-0.09	0.22	-0.07	0.08	0.34	-0.04	-0.09	0.00	0.00	0.02	0.00	-0.05	0.00	0.02
PC15 vegetation	-0.02	0.01	-0.05	0.02	-0.03	-0.14	0.01	-0.04	-0.01	0.03	0.09	0.26	0.05	-0.04	0.03	0.02	-0.06	0.02	-0.05	0.06	-0.11	0.01	0.12	0.02	-0.16	-0.05	0.23	0.44	0.29	0.24	0.36	-0.04	-0.02	-0.09	-0.17	0.29	-0.27	0.20	-0.03	0.05	-0.14	-0.08	-0.07	0.12	0.03	-0.03	-0.02	-0.02	-0.03	0.00	-0.02	0.00
PC16 vegetation	0.00	0.03	0.00	0.00	0.03	0.19	-0.17	0.09	0.15	0.04	-0.12	-0.05	-0.04	0.15	-0.05	-0.18	0.12	-0.21	-0.17	0.31	0.04	-0.08	-0.29	0.08	-0.18	-0.07	-0.05	0.04	0.01	0.06	0.01	-0.10	0.46	-0.25	-0.08	0.25	-0.05	-0.14	-0.01	-0.17	0.24	0.12	0.03	0.04	-0.13	0.06	0.00	0.04	-0.03	-0.01	0.00	0.00
PC17 vegetation	0.01	0.02	0.05	0.06	0.03	-0.01	0.06	-0.12	-0.04	0.15	0.17	-0.09	0.01	0.15	-0.07	-0.12	0.01	0.19	0.16	-0.01	-0.07	-0.19	-0.05	-0.43	0.25	0.14	-0.12	-0.04	0.20	0.01	0.03	0.37	0.31	-0.03	-0.26	-0.07	-0.22	-0.15	-0.18	0.00	-0.08	-0.12	-0.01	-0.12	0.01	0.04	-0.02	-0.01	-0.02	-0.01	0.02	-0.05
PC18 vegetation	-0.01	-0.01	-0.06	0.00	0.05	-0.08	-0.02	-0.01	0.09	-0.15	-0.24	0.12	0.05	0.13	0.03	0.04	0.10	-0.14	-0.01	-0.14	0.21	0.42	-0.15	-0.11	0.17	0.29	-0.16	-0.04	-0.02	-0.10	0.00	-0.01	-0.01	0.38	-0.20	0.31	-0.24	-0.02	0.08	0.13	0.09	-0.05	0.01	0.14	-0.06	-0.01	0.04	-0.01	0.00	0.00	-0.01	0.05
PC19 vegetation	-0.02	0.02	0.10	0.02	-0.05	-0.04	-0.13	-0.08	-0.07	0.03	-0.03	0.12	0.06	0.06	-0.09	-0.12	-0.01	0.06	-0.20	0.35	-0.36	0.55	-0.01	0.04	0.32	0.00	-0.02	0.02	0.01	-0.10	0.01	-0.06	-0.03	-0.15	0.04	-0.14	0.12	-0.01	-0.28	0.03	-0.05	0.00	-0.18	-0.05	0.06	0.09	-0.01	0.03	-0.01	-0.02	0.00	0.01
PC20 vegetation	0.01	-0.01	-0.03	-0.04	0.02	0.07	-0.03	0.12	0.09	-0.03	0.03	0.15	-0.08	-0.20	-0.01	0.11	-0.19	0.05	-0.14	0.26	-0.16	-0.13	0.21	-0.03	0.19	-0.30	-0.11	-0.42	0.07	-0.06	0.04	-0.03	0.05	0.22	-0.38	0.02	-0.09	0.28	0.18	-0.08	0.09	0.08	0.06	0.05	-0.04	-0.02	-0.02	0.03	0.02	0.02	-0.02	0.00
PC21 vegetation	-0.01	0.00	0.04	0.04	0.06	-0.07	0.05	0.00	0.12	0.03	-0.05	0.27	0.02	-0.04	0.04	0.07	-0.16	0.04	0.01	0.17	0.02	-0.08	-0.05	-0.39	0.02	0.00	0.03	0.04	-0.29	-0.10	-0.08	-0.19	0.23	-0.01	0.53	-0.10	-0.36	0.18	0.05	0.08	-0.02	-0.08	0.02	0.08	0.02	0.08	-0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	-0.01
PC22 vegetation	-0.01	0.00	0.03	0.00	0.02	0.00	0.00	-0.07	0.05	-0.02	-0.07	-0.14	-0.12	-0.09	-0.03	0.02	-0.06	-0.09	0.12	-0.01	0.03	0.02	-0.01	0.06	0.19	-0.13	-0.28	-0.18	0.60	0.15	0.07	0.01	-0.05	-0.01	0.53	0.24	-0.02	0.04	-0.02	0.01	0.05	-0.04	-0.04	-0.04	0.00	0.03	0.05	-0.01	0.01	-0.02	0.03	-0.01
PC23 vegetation	-0.01	0.00	0.02	0.09	-0.06	-0.16	-0.11	-0.12	-0.15	0.06	-0.08	0.24	0.10	0.02	-0.12	-0.01	-0.27	0.16	-0.03	-0.24	0.00	-0.28	-0.10	0.36	0.05	0.08	-0.10	-0.22	-0.20	-0.10	0.02	-0.02	0.22	-0.04	0.00	0.34	0.14	0.06	-0.24	0.15	-0.08	-0.11	-0.19	0.00	0.04	0.04	-0.04	-0.03	-0.05	0.00	-0.03	0.03
PC24 vegetation	0.00	0.02	0.01	-0.01	-0.04	-0.05	-0.20	0.12	0.21	0.09	-0.19	0.16	0.08	-0.01	-0.01	0.03	-0.18	0.03	0.14	-0.22	-0.19	0.01	-0.17	0.23	-0.19	0.07	0.08	0.06	0.31	-0.17	0.03	0.15	0.11	0.18	0.02	-0.48	-0.12	-0.03	0.01	-0.10	0.25	0.04	-0.12	0.13	0.05	0.05	-0.03	0.05	-0.03	0.01	-0.02	0.01
PC25 vegetation	0.02	-0.01	0.02	-0.07	-0.04	0.16	-0.13	-0.01	-0.09	0.04	0.05	-0.14	0.00	-0.06	-0.08	0.12	0.19	0.44	-0.35	0.05	-0.03	0.02	0.16	-0.01	-0.22	0.13	0.12	0.01	-0.01	-0.04	0.08	0.14	0.08	0.45	0.25	0.18	-0.08	-0.04	-0.13	-0.16	0.07	0.09	-0.07	-0.16	-0.04	-0.03	0.00	0.04	0.03	0.02	-0.02	0.01
PC26 vegetation	0.01	-0.01	-0.06	0.02	0.05	0.06	0.03	-0.09	0.08	-0.06	0.12	-0.03	-0.02	0.05	0.13	-0.08	0.07	-0.06	-0.01	0.12	0.06	-0.03	0.11	0.51	0.16	0.01	-0.11	-0.05	-0.27	-0.01	0.16	0.36	-0.16	-0.13	0.10	-0.10	-0.53	-0.02	-0.03	-0.05	0.03	-0.07	0.05	-0.04	-0.09	-0.04	0.01	-0.03	0.01	0.00	0.00	0.00
PC27 vegetation	-0.02	-0.01	-0.03	-0.02	0.05	-0.18	0.23	-0.01	-0.11	0.10	-0.02	0.14	0.03	0.14	0.11	0.11	0.14	-0.06	-0.25	0.30	0.35	-0.05	-0.05	0.15	-0.17	-0.18	-0.24	0.04	0.19	-0.07	0.00	0.07	0.15	0.23	-0.01	-0.27	0.15	-0.05	-0.17	0.16	-0.25	-0.15	0.11	0.14	0.05	-0.03	0.01	-0.01	0.01	0.01	0.00	-0.02
PC28 vegetation	0.03	-0.01	0.03	0.07	0.08	0.07	0.06	-0.05	-0.07	-0.06	0.05	0.08	0.02	0.04	-0.05	-0.05	-0.04	0.08	-0.03	0.04	-0.04	0.04	0.02	0.08	-0.20	-0.10	0.08	0.09	0.26	-0.43	-0.64	0.10	-0.15	-0.14	-0.06	0.21	-0.21	0.06	0.03	0.10	-0.05	-0.03	0.09	-0.12	-0.07	0.05	-0.05	-0.01	0.01	0.00	-0.01	0.01
PC29 vegetation	-0.01	-0.01	0.08	-0.08	-0.14	-0.26	0.14	0.06	0.14	0.10	-0.05	-0.16	0.02	-0.15	-0.02	-0.75	-0.02	-0.04	-0.07	0.06	-0.03	-0.04	0.09	0.03	-0.05	-0.02	0.08	-0.04	-0.04	-0.03	-0.05	0.02	-0.01	0.22	0.04	0.09	-0.03	-0.03	0.12	0.05	-0.03	-0.06	-0.04	0.06	0.33	-0.02	0.05	0.02	0.03	0.00	0.01	-0.03
PC30 vegetation	0.03	-0.04	0.09	-0.05	0.04	0.08	0.07	-0.12	-0.01	0.25	-0.03	0.02	-0.10	0.00	0.10	0.14	-0.06	-0.57	0.25	0.09	-0.32	0.00	0.09	-0.02	-0.18	0.00	0.08	-0.03	-0.15	-0.05	-0.01	0.15	0.00	0.30	0.02	0.17	0.07	0.00	-0.27	-0.10	-0.06	-0.11	0.05	-0.14	0.00	0.07	0.03	0.04	0.08	0.05	-0.03	-0.02
PC31 vegetation	-0.01	-0.04	-0.03	0.08	0.23	0.28	-0.09	-0.19	-0.20	0.06	-0.05	0.28	0.14	-0.39	0.21	-0.40	0.17	-0.01	0.07	-0.10	0.06	0.04	0.02	0.00	0.01	0.05	-0.08	0.04	0.06	0.02	0.05	-0.01	0.12	0.07	0.02	-0.12	0.12	0.12	0.11	-0.03	-0.11	-0.02	-0.01	-0.11	-0.37	0.09	-0.03	-0.02	0.04	0.04	-0.02	0.01
PC32 vegetation	0.01	-0.02	-0.06	-0.07	0.00	-0.04	-0.02	-0.02	-0.02	0.05	-0.12	0.19	0.25	0.15	0.18	-0.02	0.06	-0.04	-0.10	-0.03	0.05	0.08	0.13	-0.20	-0.21	0.01	0.33	-0.58	0.11	-0.03	0.16	0.16	-0.11	-0.28	0.09	0.06	0.00	-0.22	0.03	-0.02	-0.04	-0.04	0.02	0.12	-0.02	-0.04	-0.01	0.04	0.02	0.04	-0.05	0.05
PC33 vegetation	-0.02	-0.07	0.05	0.03	-0.05	0.06	0.14	0.02	0.03	0.10	-0.10	0.07	0.19	0.02	0.25	0.12	0.04	-0.05	-0.38	0.03	-0.34	-0.33	-0.26	0.04	0.26	0.30	-0.05	0.11	0.08	0.08	-0.11	0.03	-0.19	0.03	0.05	0.06	0.05	-0.11	0.26	-0.09	-0.13	0.05	0.08	0.04	0.08	0.09	0.03	-0.07	0.05	0.07	-0.03	0.00
PC34 vegetation	0.01	-0.01	0.11	0.00	-0.12	-0.08	0.14	0.05	0.12	-0.05	-0.15	0.19	-0.23	-0.31	-0.02	0.11	0.65	0.15	0.18	-0.02	-0.11	-0.04	-0.11	0.04	-0.04	0.08	-0.01	-0.13	-0.02	-0.04	-0.02	0.05	0.05	-0.18	-0.05	0.04	-0.01	0.18	-0.15	0.00	0.01	0.00	0.10	0.04	0.24	0.09	0.02	0.00	0.02	-0.01	-0.01	0.04
PC35 vegetation	0.01	-0.04	-0.01	-0.12	0.12	-0.10	0.01	0.00	0.08	0.10	-0.16	-0.08	0.14	0.08	0.21	0.12	0.17	0.15	0.07	-0.20	-0.23	0.06	0.35	0.06	0.18	-0.37	-0.10	0.24	-0.09	-0.17	0.00	0.05	0.29	-0.07	0.05	0.15	0.11	-0.22	0.20	0.09	0.08	-0.10	0.04	0.12	-0.03	-0.03	0.04	0.08	0.10	0.04	-0.01	-0.02
PC36 vegetation	0.00	0.00	0.09	0.06	-0.13	0.04	0.06	0.07	0.03	0.05	0.12	0.03	0.14	0.11	0.16	0.04	-0.02	0.01	0.10	-0.02	-0.01	0.11	0.48	0.15	-0.16	0.36	-0.28	-0.12	0.09	0.21	-0.20	-0.35	0.22	-0.06	-0.06	-0.06	-0.14	-0.06	0.00	-0.14	-0.09	0.09	0.00	-0.05	0.16	0.08	-0.03	-0.04	-0.01	0.00	0.00	0.00
PC37 vegetation	0.01	0.01	0.07	-0.09	0.04	0.02	-0.13	0.00	-0.02	0.02	0.08	0.10	0.18	0.25	0.08	-0.12	0.26	0.10	0.16	-0.06	-0.09	-0.21	-0.18	-0.02	0.02	-0.35	-0.06	-0.08	0.00	0.09	-0.03	-0.43	-0.30	0.21	-0.05	-0.01	-0.24	-0.17	-0.24	0.00	-0.02	0.06	-0.10	-0.05	-0.03	0.02	-0.02	0.10	0.04	0.01	0.00	0.00
limestone	0.00	0.06	-0.19	0.12	0.22	-0.52	-0.08	-0.25	0.07	0.13	-0.11	0.02	0.01	-0.02	0.02	0.01	-0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	-0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	-0.02	0.00	-0.02	-0.08	-0.04	0.58	0.28	-0.31	-0.01	-0.04	0.03	-0.02	-0.06	-0.03	0.00	-0.02
serpentinite	0.02	-0.01	0.03	0.00	0.04	0.02	0.03	-0.03	0.07	0.06	-0.04	-0.28	0.38	0.38	0.10	-0.06	0.13	0.02	0.03	-0.03	0.00	0.00	-0.04	0.00	-0.01	0.01	0.01	-0.04	0.00	-0.03	0.03	0.07	0.02	-0.02	0.02	-0.01	0.12	0.75	-0.04	-0.06	0.07	-0.01	0.02	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00
is Hokkaido	-0.06	-0.57	0.02	-0.02	0.12	-0.03	0.00	0.06	0.03	0.14	0.10	-0.02	-0.02	0.00	-0.01	-0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	-0.01	0.00	0.02	-0.02	0.02	-0.01	0.02	-0.02	0.05	0.02	0.01	-0.15	-0.43	0.21	0.60
is oceanic island	-0.04	0.04	-0.29	0.09	0.46	0.31	-0.20	-0.18	-0.13	-0.03	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	-0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	-0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	-0.01	0.01	0.00	0.01	-0.01	-0.01	-0.01	0.01	0.04	-0.01	0.06	0.19	0.67	0.05	0.07	-0.02	-0.03	-0.02	0.01	-0.02

Data distibution against the environmental variables used

Climatic variables

> p_climate = (
+   (p7+p8+p9 +plot_layout(guides = "collect", ncol = 2))
+   & labs(x = NULL, y = NULL)
+   & theme(plot.title = element_text(hjust = 1, vjust = -8))
+   )
> grid.arrange(
+   patchworkGrob(p_climate), 
+   top = NULL,
+   left = ylab, 
+   bottom = str_c(xlab,"\nS1-1 Fig. all climate variables used in SDMs")
+   )

Land use variables

> p_landuse = (
+   (p1+p2+p3+p4+p5+p6+ 
+      plot_layout(guides = "collect", ncol = 3)
+    )
+   & labs(x = NULL, y = NULL)
+   & theme(plot.title = element_text(hjust = 1, vjust = -8))
+   )
> grid.arrange(
+   patchworkGrob(p_landuse), 
+   left = ylab,
+   bottom = str_c(xlab, "\nS1-2 Fig. all land use variables used in SDMs"),
+   top = NULL
+   )

Geological variables

Note that longitude and latitude were not used in the SDMs.

> p_geo = (
+   ((p10/p11)|(p51/p52)|(p53/p54)) #p50
+   & labs(x = NULL, y = NULL)
+   & theme(plot.title = element_text(hjust = 1, vjust = -8))
+   )
> grid.arrange(
+   patchworkGrob(p_geo), 
+   left = ylab,
+   bottom = str_c(xlab, "\nS1-3 Fig. all geological variables used in SDMs"),
+   top = NULL
+   )

Vegetation variables

> p_geo = (
+   (p12+p13+p14+p15+p16+p17+p18+p19+p20+p21+
+   p22+p23+p24+p25+p26+p27+p28+p29+p30+p31+
+   p32+p33+p34+p35+p36+p37+p38+p39+p40+p41+
+   p42+p43+p44+p45+p46+p47+p48+
+     plot_layout(guides = "collect", ncol = 3))
+   & labs(x = NULL, y = NULL)
+   & theme(plot.title = element_text(hjust = 1, vjust = -8))
+   )
> grid.arrange(
+   patchworkGrob(p_geo), 
+   left = ylab,
+   bottom = str_c(xlab, "\nS1-4 Fig. all geological variables used in SDMs"),
+   top = NULL
+   )